田间试验与统计方法12 聚类与主成分分析教学教材.ppt

第一节 聚类分析 第二节 主成分分析;　　 ;把“对象”分成不同的类别 这些类不是事先给定的，而是直接根据数据的特征确定的； 把相似的东西放在一起，从而使得类别内部的“差异”尽可能小，而类别之间的“差异”尽可能大； 聚类分析就是按照对象之间的“相似”程度把对象进行分类。;聚类分析的“对象”可以是所观察的多个样本，也可以是针对每个样本测得的多个变量； 按照变量对所观察的样本进行分类称为Q型聚类 按照多项指标(变量)对不同的地区(样本)进行分类； 按照样本对多个变量进行分类，则称为R型聚类 按照不同地区的样本数据对多个变量进行分类； 两种聚类没有什么本质区别，实际中人们更感兴趣的通常是根据变量对样本进行分类(Q型聚类)。;按对象的“相似”程度分类; 根据样本的观测数据测度变量之间的相似性程度可以使用夹角余弦、Pearson相关系数等工具，也称为相似系数; 变量间的相似系数越大，说明它们越相近; 根据变量来测度样本之间的相似程度则使用“距离”; 把离得比较近的归为一类，而离得比较远的放在不同的类;;二、相似性的度量;聚类分析中是用“距离”或“相似系数”来度量对象之间的相似性; 31个地区的PM 2.5 数据就是直线上的31个点，每一个点对应一个地区; 如果按照PM 2.5对它们进行分类，就可以把在直线上离得比较近的那些点归为一类。如果再考虑太阳辐射，那么PM 2.5和太阳辐射就是二维平面上的一个点，31个地区就是平面中的31个点 ; 多个样本就是高维空间中的一个点，31个地区就是高维空间中的31个点; 各个点之间距离的远近就是分类的依据.;;系统聚类又称层次聚类； 事先不确定要分多少类，而是先把每一个对象作为一类，然后一层一层进行分类； 根据运算的方向不同，系统聚类法又分为合并法和分解法，两种方法的运算原理一样，只是方向相反。;将每一个样本作为一类，如果是k个样本就分k成类； 按照某种方法度量样本之间的距离，并将距离最近的两个样本合并为一个类别，从而形成了k-1个类别； 再计算出新产生的类别与其他各类别之间的距离，并将距离最近的两个类别合并为一类。这时，如???类别的个数仍然大于1，则继续重复这一步，直到所有的类别都合并成一类为止； 总是先把离得最近的两个类进行合并： 合并越晚的类，距离越远； 事先并不会指定最后要分成多少类，而是把所有可能的分类都列出，再视具体情况选择一个合适的分类结果； ;分解方法原理与合并法相反； 先把所有的对象(样本或变量)作为一大类，然后度量对象之间的距离或相似程度，并将距离或相似程度最远的对象分离出去，形成两大类(其中的一类只有一个对象)； 再度量类别中剩余对象之间的距离或相似程度，并将最远的分离出去，不断重复这一过程，直到所有的对象都自成一类为止； SPSS中只提供了合并法。;在系统聚类法中，当类别多于1个时，就涉及到如何定义两个类别之间的距离问题； 计算类间距离(与上面介绍的点间距离不同)的方法有很多，不同方法会得到不同的聚类结果； 实际中较常用的是离差平方和法(Ward’s method)，又称Ward法。;;;实际例子;校准化 （Z）——消除量纲和数量级的影响;其它标准化方法;系统聚类;聚类结果;解读;系统聚类事先不需要确定要分多少类，聚类过程一层层进行，最后得出所有可能的类别结果，根据具体情况确定最后需要的类别。该方法可以绘制出树状聚类图，方便使用者直观选择类别，但其缺点是计算量较大，对大批量数据的聚类效率不高； K-均值聚类事先需要确定要分的类别数据，计算量要小得多，效率比系统聚类要高，也被称为快速聚类(quick cluster)。;第1步：确定要分的类别数目K 需要研究者自己确定； 在实际应用中，往往需要研究者根据实际问题反复尝试，得到不同的分类并进行比较，得出最后要分的类别数量； 第2步：确定K个类别的初始聚类中心 要求在用于聚类的全部样本中，选择K个样本作为K个类别的初始聚类中心； 与确定类别数目一样，原始聚类中心的确定也需要研究者根据实际问题和经验来综合考虑； 使用SPSS进行聚类时，也可以由系统自动指定初始聚类中心；;第3步：根据确定的K个初始聚类中心，依次计算每个样本到K个聚类中心的距离欧氏距离，并根据距离最近的原则将所有的样本分到事先确定的K个类别中； 第4步：根据所分成的K个类别，计算出各类别中每个变量的均值，并以均值点作为新的K个类别中心。根据新的中心位置，重新计算每个样本到新中心的距离，并重新进行分类；;第5步：重复第4步，直到满足终止聚类条件为止； 迭代次数达到研究者事先指定的最大迭代次数(SPSS隐含的迭代次数是10次)； 新确定的聚类中心点与上一次迭代形成的中心点的最大偏移量小于指定的量(SPSS隐含的是0.02)； 第6步：方差分析，看各变量在不同类