代谢组学-许国旺幻灯片.pptVIP

江南大学 * 有监督方法　如果存在一些有关数据的先验消息和假设，有监督方法比非监督方法更适合且更有效。有监督方法在已有知识的基础上建立信息组 (class information)，并利用所建立的组对未知数据进行辨识、归类和预测。 在这类方法中，由于建立模型时有可供学习利用的训练样本，所以称为有监督学习。应用于该领域的常见方法有线性判别分析 (linear discrimination analysis)、偏最小二乘法-显著性分析 (PLS-discrimination analysis) 和人工神经元网络 (artificial neural networks，ANN) 江南大学 * 网上数据库　在信息时代，代谢组学的分析离不开各种代谢途径和升华数据库，利用网络资源进行研究是必不可少的，与基因组学和 蛋白组学已有较完善的数据库供搜索使用相比，目前代谢组学研究尚无类似的功能完备数据库。 DOME (/dome.html) 有许多关于代谢物的原始数据和分析结果，分析结果用多维统计软件处理后可用于 OMEs 的浏览器 (BROME) 浏览。 MetaCyc () 是一个关于代谢物的数据库，阐述了超过150种生物体中的代谢途径，包含了从大量的文献和网上资源中得到的代谢途径、反应、酶和底物的资料。MMP (http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme) 对主要代谢途径及涉及的关键酶进行了详尽的描述。 ArMet () 是一个涵盖大部分植物代谢组学研究工作的网站，包含了这些工作开展的时间，甚至还有详细的实验步骤，并将代谢物信息标准化，以便于研究者交流。 江南大学 * 第三章 代谢组学的应用 代谢组学在微生物领域的应用 　(一)微生物分类,突变体筛选以及功能基因研究 　　经典的微生物分类方法多根据微生物形态学以及对不同底物的代谢情况进行表型分类。最近,随着分子生物学的突飞猛进,基因型分类方法如16SrDNA测序,DNA杂交以及PCR指纹图谱等方法得到了广泛应用。然而,某些菌株按照基因型与表型两类方法分类会得出不同的结果。因此,根据不同的分类目的联合应用这两类方法已成为一种趋势。BIOLOG等方法在表型分类中应用较为广泛,但是,代谢谱分析方法(metabolic p rofiling)异军突起,逐渐成为一种快速、高通量,全面的表型分类方法。 江南大学 * 采用代谢组分类时,可以通过检测胞外代谢物来加以鉴别。常用的胞外代谢物检测方法为样品衍生化后进行GC2MS分析、薄层层析或HPLC2MS分析,最后通过特征峰比对进行分类。Bundy等采用NMR分析代谢谱成功地区分开临床病理来源以及实验室来源的不同杆菌(bacillus cereus)。 除了表型分类外,代谢组学数据可以应用于突变体的筛选。在传统研究中的沉默突变体(即未发生明显的表型变化的突变体)内,突变基因可能导致了某些代谢途径发生变化,通过代谢快照(metabolic snap shot)可以发现该突变体并研究相应基因的功能。 江南大学 * (二)发酵工艺的监控和优化  　　发酵工艺的监控和优化需要检测大量的参数,利用代谢组学研究工具可以减少实验数量,提高检测通量,并有助于揭示发酵过程的生化网络机制,从而有利于理性优化工艺过程。 Buchholz等采用连续采样的方法研究了大肠杆菌在发酵过程中的代谢网络的动力学变化。他们在葡萄糖缺乏的培养液培养的大肠杆菌中加入葡萄糖,并迅速混匀,按每秒4～5次的频率连续取样。利用酶学分析、HPLC/LC2MS等手段监测样品中多达30种以上的代谢物、核苷以及辅酶,从而解析了葡萄糖以及甘油的代谢途径和底物摄取体系。通过统计学分析建模,发现在接触葡萄糖底物后的15～25s范围内,大肠杆菌体内发生的葡萄糖代谢物变化与经典生化途径相符,但随后的过程则与经典途径不符,推测可能存在新的未知调控步骤。Takors认为,通过上述代谢动力学研究,掌握代谢途径及网络中的关键参数,将直接有利于代谢工程的优化,包括菌株的理性优化以及发酵参数的调控。 江南大学 * (三)环境微生物研究  　　微生物降解是环境中去除污染物的主要途径。深入了解污染物在微生物内的代谢途径,将有助于人们优化生物降解的条件,从而实现快速的生物修复。这些代谢中间体大都通过萃取、分析方法进行逐个研究,并借助专家经验拟合出代谢途径,其动力学过程亦很少触及。代谢组学方法的采用有可能改变这一现状。 Boersma等采用代谢组学方法研究氟代酚的微生物降解途径。氟代化合物具有特殊的19F核磁共振属性,19F的核磁共振灵敏度与1H核相近;由于生物体内无内源性19F核磁信号,因而无本底干扰。所有19F核磁信号均可归结于异生素及其代谢物