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Charmm标准安装文档 曙光，解决方案部，李斌 2010.07. 软件介绍 CHARMM（Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics）是一种常用的分子立场，CHARMm是相应的分子动力学软件。CHARMm常用于生物大分子的模拟，包括能量最小化，分子动力学和蒙特卡罗模拟等。：/ 软件版本 我们使用的版本为 安装前要求 需要C/Fortran编译器 我们推荐使用Intel C/Fortran 编译器 11.1 Intel C/Fortra 编译器安装参见 《曙光HPC调试手册》 需要安装标准MPI我们推荐使用Intel编译器版openmpi 来编译运行软件 安装Intel编译器版OpenMPI 参见《曙光HPC调试手册》 软件编译安装 上传文件 上传源码包安装charmm_c3a1.tar.gz到 /public/sourcecode。 编译Charmm tar zxvf charmm_c35a1.tar.gz cd c35a1 载入使用的mpi环境变量source /public/software/mpi/openmpi1.3.4-intel.sh 修改tool/preflx文件 vim tool/preflx 第48行中，prefx改为`dirname $0`/prefx 修改Makefile模版， vim build/UNX/Makefile_em64t 第26~28行改为： CC = icc -Dnographics –Dgnu FC = $(FCOMPILER) -132 -w95 -cm -align all -integer-size 64 LD = mpif90 MSGLIB = 第34~35行改为： FC2 = $(FC) -c -O2 -mp1 -xHost FC3 = $(FC) -c -O3 -mp1 -xHost 编译 ./ em64t large M keepf keepo 其中，em64t对应build/UNX/Makefile_em64t模板 large 为charmm-size, 即模拟体系的大小，可选项：huge, xxlarge, xlarge, large, medium, small, xsmall, reduce M 代表 用MPI并行 keepf keepo 表示在build/em64t/下保留.f和.o文件，便于检查编译过程中的错误 根据提示输入 mpi 的 include 和 lib 目录，如下 Enter the absolute path to the mpi include files (mpi.h, etc.) /public/software/mpi/openmpi1.3.4-intel/include Enter the absolute path to the mpi lib files (e.g., libmpi.a(so)) /public/software/mpi/openmpi1.3.4-intel/lib 输入mpi路径后，开始编译过程，编译完成后，生成可执行文件 exec/em64t/charmm.exe 拷贝生成的可执行文件 mkdir /public/software/charmm-c35a1 cp exec/em64t/charmm.exe /public/software/charmm-c35a1/ 手动运行Charmm 准备算例,使用普通用户test运行算例 su - test mkdir _test cd charmm_test cp /public/sourcecode/c35a1/test/c35test/adin.inp ./charmm.inp cp /public/sourcecode/c35a1/test/datadir.def ./ 修改charmm.inp文件，改变模拟步数 vim charmm.inp 第15行改为 set ndyn 10000 载入使用的mpi的环境变量 source /public/software/mpi/openmpi1.3.4-intel.sh 手动运行CHARMM mpirun -np 2 /public/software/charmcharmm.exe run.log openmpi 程序运行方式参见《曙光HPC调试手册》 使用pbs运行Charmm su - test cd charmm_test 建立提交脚本 harmm.pbs 内容如下 #PBS -N harmm #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -j oe #PBS -l walltime=10:00:00 cd $PBS_O_WORKDI