生物资讯学简介.DOC

90學年度高等資料庫期末報告 生物資料庫 指導老師： 張瑞益　教授 報告學生： 朱柏嘉 黃春雅 生物資訊學簡介 引言 生物資訊是新崛起的熱門生技產業之一，隨著近年基因研究熱潮的蓬勃發展，大量的生物資訊被釋出，加上電腦科技的日新月異，帶動了「生物資訊」(bioinformatics) 這項新興領域的興起，徹底改變了以往生物研究的方式，生物資訊學被視為是繼蒸汽機、電腦後，可能帶動「第三次工業革命」的最新科技。 1990年開始的人類基因組解讀計劃(Human Genome Project)已於2000年6月由美國賽雷拉(Celera)公司及跨國組織「人類基因組計劃」正式完成人類基因染色體中DNA(去氧核醣核酸)排序初稿，預計於2003年以前完成整部人類基因之解碼。這項21世紀醫學革命新里程碑計劃完成，可媲美1960年代登陸月球計劃。 隨著基因定序工作提前完成，大量的生物資訊被釋出，加上電腦科技的卓越發展，帶動了「生物資訊」(bioinformatics)這項新興領域的興起。由於生物資訊技術可以極快又較精確的方式對基因序列進行深入分析與探討，且能在短時間內處理大量資料，效率遠超越傳統實驗方法，對於未來醫藥產業將產生革命性影響。 生物資訊顧名思義即以資訊學的方法解析生命科學的奧秘。係利用資訊科技強大運算能力，將基因解碼後之核酸(RNA)序列及其衍生之胺基酸序列作整理、儲存、歸類，同時也與所有其他生物資料如藥物化學、免疫學、微生物學、臨床試驗等等結合，作綜合性之分析，使解碼後之核酸序列具有生物意義，並能應用於如疾病治療、新藥開發等其他領域上。 人類基因體分析現況： 初稿事實上已經在西元2000年時完成了，但是完成的部分只有包含90%而錯誤率達到1%預計在西元2003能夠被完成大約99%以上的部分，而錯誤率預計也會達到萬分之一，因此當錯誤率這麼低的時候我們就可用來做很多事了。 而事實上在這個學門上有一個稱為百慕達協定的一個協議，也就是說希望由政府投資或者非營利機關所發現出來的基因體序列，並沒有辦法被私人申請專利，應該被公開在公眾可以存取的地方。也因此目前我們可以在網站上看到許多有關生物資訊以及生物學的一些資訊。 目前基因體資訊還是在發展中，也因此我們可以分為三個階段(phase)來加以分類，首先當發現一個新的基因體資訊。通常是一個未完成的且方向並不是很確定的，此處的方向指的是DNA序列的方向，DNA序列實際上是具有方向性的。第二個階段通常已經發現比較長的片段而且方向也都已經確定了，最後一階段當然是完成了DNA序列將全部連接起來。而目前這些資訊是由美國NCBI的資料庫所保存在資料庫中。 而當我們具有所有基因體序列資訊時(雖然目前只有90%的部分)透過生物資訊學的一些技術與方法就可以幫助解決瞭解DNA中蘊含的資訊，當然最後可以應用在生物科技上。 DNA語言為何難懂？ 因為我們並不知道所謂的DNA的語言，從我們知道的人類自然語言來說，可以分為字、詞、語意，以DNA序列為例，當我們不懂DNA的語言，因此我們不曉得什麼叫做DNA中的字？因此我們並無法得知更進階的詞以及語意。實際上因為DNA序列具有三十億個鹼基，這麼龐大的一個集合，因此我們可以從裡面看出一些規則，或許可以藉重複性得知最小單元的DNA的所謂的字。因此從這麼長的DNA序列我們可以統計DNA的字，當我們瞭解DNA的自知後我們就慢慢的會瞭解所謂的詞，最後當然我們看的夠多的話就會瞭解最後DNA的語意。當然我們就有很多的機會可以瞭解DNA的序列的意義了。 基因圖譜(gene map) 概 念 人類基因組由30億個鹼基對組成，如此巨大的訊息量需要適合的方式來表達和標注，繪製基因圖譜就是這樣一種方式。 人類基因組計劃分兩個階段：DNA序列圖前計劃和DNA序列計劃，總共需要畫4張圖：遺傳圖譜、物理圖譜、轉錄圖譜和序列圖譜。 遺傳圖譜(genetic map) 表明兩個或兩個以上的基因位點間的距離和位置關係的圖譜，就是遺傳圖譜，也稱連鎖圖譜(linkage map)或遺傳連鎖圖譜(genetic linkage map)。 經典的遺傳圖譜主要是研究多樣性基因的相互關係、這些基因所構成的連鎖群以及連鎖群中多樣性基因的線性關係，用於確定生物體的基因在染色體上的排列。通過研究生物的兩個多樣性共遺傳的表徵，可以推斷決定此兩表徵的基因是否在同一條染色體上，並計算二者之間的遺傳距離。 物理圖譜(physical map) 物理圖譜就是把人類DNA片段按照實際的物理位置進行排序，通常是指高解析度的基因組長度片段限制性酶切圖譜和重疊克隆圖譜，整和物理圖譜還應包括只能粗略分辨路標位置而不能準確排序的染色體圖譜和遺傳連鎖圖譜