第二章 生物信息学资源.ppt

search parameters Enter sequence gggagacccaagcttg Search All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences Query = (16 letters) 14 Blast Hits 国外站点 国内站点 SRS 欧洲生物信息研究所（EBI）开发数据库检索及导航系统 BLAST 数据库查询工具，是最常用的比较核酸和蛋白质同源性比较工具 Mirrors 本站建立了多个世界著名生物信息网站的镜像 二，数据挖掘 1, Search for information by key words /chinese/ English version Enter key words (HCV NS5B) Nucleotide sequence Protein sequence Protein structure Description General Information Features Sequence Length: 1773 BP, A : 404, C :518, G :465, T :386, 720 C Last one 1773 Protein: How many amino acids? 591aa 1773/3 Description General Information Features translation 509 519 GVGIYLLPNR Protein structure Enter key words (HCV NS5B) 保存 2, Search for information by BLAST BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 对齐， 对准 BLAST 数据库查询工具，是最常用的比较核酸和蛋白质 同源性的工具 *同源性：保守性, 即同一性， 用相同碱基数占总碱基数的百分比表示。 CGGCAACCTG a: b: CGCCAACGTG c: CGCCTACGTC 问题：a与b，a与c， 哪一组同源性大？ CGGCAACCTG a: b: CGCCTACGTC CGGCAACCTG a: CGCCAACGTG c: 分析1： 分析2： 同源性：60% 同源性：80% *同源序列：保守序列：不变的序列 WNV RdRp …ERLSRMAVSGDDCVVKPLD… YFV RdRp …DRLKRMAVSGDDCVVRPID… BVDV RdRp …NRLVRIHVCGDDGFLITEK… HCLV RdRp …DRVAKIHVCGDDGFLITER… New …DRVAKIHVCGDDGLLIFER… RdRp 用保守性（ 即同一性）来推断同源性。 WNV RdRp …ERLSRMAVSGDDCVVKPLD… YFV RdRp …DRLKRMAVSGDDCVVRPID… BVDV RdRp …NRLVRIHVCGDDGFLITEK… HCLV RdRp …DRVAKIHVCGDDGFLITER… New …DRVAKIHVCGDDGLLIFER… RdRp alignment 用保守性（ 即同一性）来推断同源性。 BLAST的任务： 搜索同源序列(保守序列) 建立对齐模型 预测意义 BLAST Nucleic acid BLAST protein Protein BLAST Nucleotide BLAST blastn MEGABLAST a shorter sequence 7-11b a longer sequence increase sensitivity the search speed Nucleotide BLAST blastn Enter sequence in FASTA format FASTA format description： a greater-than () symbol in the first column a single-line description 80 characters/line N for unknown nucleotide X for unknown amino acid * translation stop - gap gi|532319|pir|TVFV2E|TVFV2E envelope protein ELRLRYCAPAGFALLKCNDADYDGFKTNCSNVSVVHCTNLMNT