微生物的分类鉴定及命名教程.pptVIP

三域学说受到的挑战： 随着微生物的全基因组序列分析研究的深入，一些学者对Woese的学说提出了了质疑： 1） 16SrRNA或18SrRNA的分子进化很难代表整个基因组的分子进化； 2）已知许多真核生物的基因组和其表达的功能蛋白不象Woese所说的接近古细菌，而是更接近于真细菌； 等等 但是， Woese学说的意义并不在于目前所取得的某些结论，更重要的是它为进一步探讨生命的起源和进化，认识、研究和开发微生物资源提出了新的思路，使我们看到了揭开生命起源和进化之谜的曙光。 6、微生物分类鉴定的特征和技术 形态学特征、 生理学特征、 生态学特征 6.1 生物分类的传统指标： ☆形态学特征 培养特征、 运动性等等 特殊的细胞结构、 细胞形态及其染色特性、 ——是微生物分类和鉴定的重要依据之一： a）易于观察和比较，尤其是真核微生物和具有特殊 形态结构的细菌； b）许多形态学特征依赖于多基因的表达，具有相对 的稳定性； ☆生理生化特征 与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关； 代谢产物等 营养类型； 与氧的关系； 对温度的适应性； 对pH的适应性； 对渗透压的适应性； 酶及蛋白质都是基因产物； 对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较； 测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多。 这些特征包括： 常借助特异性的血清学反应来确定未知菌种、亚种或菌株。 ★生态特性 包括在自然界的分布情况，与其他生物有否寄生或共生关系, 宿主种类及与宿主关系, 有性生殖情况, 生活史等。 ★血清学反应 6.2 核酸的碱基组成和分子杂交 特点： 与形态及生理生化特性的比较不同，对DNA的碱基 组成的比较和进行核酸分子杂交是直接比较不同微 生物之间基因组的差异，因此结果更加可信。 (1) DNA的碱基组成(G+Cmol%) DNA碱基因组成是各种生物一个稳定的特征，即使个别基因突变，碱基组成也不会发生明显变化。 分类学上，用“G+C”占全部碱基物质的摩尔百分数(G+Cmol%)来表示各类生物的DNA碱基因组成特征。 ◆每个生物种都有特定的GC%范围，因此后者可以作为分类鉴定的指标。细菌的GC%范围为25--75%，变化范围最大，因此更适合于细菌的分类鉴定。 ◆GC%测定主要用于对表型特征难区分的细菌作出鉴定，并可检验表型特征分类的合理性，从分子水平上判断物种的亲缘关系。 使用原则： 每一种生物都有一定的碱基组成，亲缘关系近的生物，它们应该具有相似的GC%含量；若不同生物之间GC%含量差别很大，表明它们亲缘关系较远。 但具有相似GC%含量的生物，却并不一定表明它们之间具有近的亲缘关系。 在疑难菌株鉴定、新种命名、建立一个新的分类单位时，GC%含量是一项重要的、必不可少的鉴定指标。 同一个种内的不同菌株GC%含量差别应在4～5%以下；同属不同种的差别应低于10～15%；GC%含量已经作为建立新的微生物分类单元的一项基本特征指标，它对于种、属甚至科的分类鉴定有重要意义。 若2个在形态及生理生化特性方面极其相似的菌株， 如果其GC%含量的差别大于5%，则肯定不是同一个种，大于15%则肯定不是同一个属。 其分类学意义主要是作为建立新分类单元的一项基本特征和把那些GC%含量差别大的种类排除出某一分类单元。 G+C%含量的比较主要用于分类鉴定中的“否定” (2) 核酸的分子杂交 不同生物DNA碱基排列顺序的异同直接反映生物之间亲缘关系的远近，碱基排列顺序差异越小，它们之间的亲缘关系就越近，反之亦然。 核酸分子杂交(hybridization)——间接比较不同微生物DNA碱基排列顺序的相似性 a）DNA-DNA杂交； （亲缘关系相对近的微生物之间的亲缘关系比较） b）DNA-rRNA杂交； （亲缘关系相对远的微生物之间的亲缘关系比较） c）核酸探针； （利用特异性的探针，用于细菌等的快速鉴定） (3) 16SrRNA或18SrRNA的核酸序列分析 16SrRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺”： 16SrRNA的序列高度保守，可精确指示细菌之间的亲缘关系 16SrRNA的大小为1540bp左右，所含信息能反映生物界进化关系，易操作，适用于各级分类单元 目前常用的是建立在PCR技术基础上的16SrRNA基因的直接测序法，方便快捷。 菌种鉴定工作三部曲 1、获得该微生物的纯培养 2、测定一系列必要的鉴定指标 3、查找权威性鉴定手册 7、微生物分类系统 《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology) 美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(1860-1937) 1957年第七版后，由于越来越广泛地吸收了国际上细菌分类学家参加编写(如1