高通量测序技术知识及其在肿瘤研究中的应用.pptVIP

Company Logo 高通量测序技术及其在肿瘤研究中的应用 汇报人： 目录 背景介绍 1 测序的流程 2 对肿瘤研究的方法 3 总结 4 一、背景介绍 高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation” sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。 高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deepsequencing)。  什么是高通量测序? 第二代测序 第三代测序 第一代测序 传统的化学降解法、双脱氧链终止法以及在它们的基础上发展来的测序技术统称为第一代测序。它在分子生物学研究中发挥过重要的作用，如人类基因组计划 主要包括罗氏454公司的454测序技术 、Illumina公司的Solexa测序技术和ABI公司的SOLiD测序技术 。第二代测序技术最显著的特征是高通量，一次能对几十万到几百万条DNA分子进行序列测序 第三代DNA测序技术是以单分子测序为特点，如生物科学公司的单分子测序仪，以及正在研制的太平洋生物科学公司的单分子实时DNA测序技术和牛津纳米孔技术公司的纳米孔单分子测序技术等 2005年开始 20世纪80年代中期 正在研发 测序的发展历程 目前常说的高通量测序是指用第二代测序技术来进行测序，第三代测序技术还不是很成熟，有的刚刚出现，有的则正在研制 第二代主要的测序平台 主要的测序平台 数据分析 样品的制备 文库的构建 二、测序流程 测序的流程 上机测序 Description of the company’s products Description of the company’s business Description of the company’s technology Description of the company’s contents 1. 对测序后生成的数据进行分析 2. 普通的分析：去除低质量数据，进行序列组装，评估测序质量等 3. 高级分析：对基因进行注释，分析表达情况、构建互做网络等 1. 在第二代测序仪上进行测序，设定程序 1. DNA序列打断、RNA序列要反转录为DNA序列再打断（超声破碎）200-300bp 2. 加接头，电泳选择片段大小 3. PCR扩增，转到Flowcell上 4. 文库质检（QPCR) 1. 组织样品的培养或病理样品的收集 2. 样品总DAN、RNA的提取 3. 质检（总量、纯度、完整性、有没有降解等） 三、对肿瘤研究的方法 DNA 1.实体肿瘤基因组学研究 2.血液肿瘤基因组学研究 3.表观遗传学研究 4.免疫组学研究 高通量测序在肿瘤 研究的应用 RNA 1.实体肿瘤转录组学研究 2.血液肿瘤转录组学研究 3.Exosome研究肿瘤细胞通讯、扩散机制 DNA方向 3.表观遗传学研究 一.研究目的和意义 DNA甲基化是表观遗传学研究的重点，是基因调控的手段之一，在维持细胞正常功能、传递基因组印记、胚胎发育和肿瘤发生等方面起着至关重要的作用。检测表观遗传学变异尤其是基因组的甲基化，探讨甲基化对于生物学功能的影响，并筛选可应用作为疾病早期诊断、分级和分型的分子标记。 二.研究对象 研究对象：各类肿瘤、发育、干细胞分化的不同阶段。 三.测序方案 RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing） 基于Msp|酶切消化和bisulfite处理的高性价比方法，可对基因组promoter区及CpG岛区域的DNA甲基化状态 进行样品之间的比较分析。 MBD-Seq（Methylated DNA Binding Domain Sequencing） 由于在哺乳动物中甲基化一般发生在CpG的胞嘧啶5位碳原子上，所以可通过特异性结合甲基化DNA的蛋白 MBD2b富集高甲基化的DNA片段，并结合第二代高通量测序，对富集到的DNA片段进行测序，从而检测全 基因组范围内的甲基化位点。 MeDIP-Seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing ） 通过使用5 -甲基胞嘧啶抗体富集高甲基化的DN