蛋白质具有各种催化及生.pdfVIP

蛋白質 蛋白質 Protein 蛋白質具有各種催化及生理機能，是細胞的主要工作機器，其功能乃源自蛋白質分子所具有 的特定構形及其催化活性；此種構形的形成，又因於組成蛋白質的胺基酸排列次序。各種長短 的蛋白質有不同的胺基酸組成與排列，造就了多樣而多功的蛋白質繽紛世界。 1 蛋白質構造： 探究蛋白質構造可由胺基酸序列開始，循序依其複雜度分成四個層次。 1.1 一級構造： 像其它巨分子一樣，蛋白質鏈也是由小分子單位一個一個連接成的。 a. 蛋白質的長條胺基酸序列，是為其 一級構造(primary structure) 。此一級構造的一端 為N- 端 (-NH ) ，另一端為C-端 (-COOH) ，而以H N-C-C-[N-C-C] -N-C-COOH為骨 2 2 x 架，其中黑體字C代表各胺基酸單位的 α 碳。 ◆ 請練習畫出一長條胜肽的骨架，並任意加上各種胺基酸的基團。 b. 一級構造是蛋白質最終構形 的根本，各級構造的訊息都決定於胺基酸序列；而胺基 酸序列是根據DNA 的核苷酸序列轉譯而來，故最終信息是存留於細胞核的核酸。 c. 探討一級構造主要在分析該蛋白質之胺基酸序列 ，近來胺基酸序列多由該蛋白質的 cDNA 經分子群殖(cloning) 篩選出，再經核酸定序後轉譯成胺基酸而來。 d. 除了構造之外，一段固定的胺基酸序列可能有某種特定的生理功能，稱之為signal peptide (信息序列) ，同一signal 可以在許多不同的蛋白質分子上重複出現。 例如蛋 白質在C-端若有Lys-Asp-Glu-Leu (KDEL) 的序列，則會被回收到內質網去。 1.2 二級構造： 蛋白質長鏈捲繞成堅固而規則的二級構造，是其構形的基礎單位。 1.2.1 二級構造相當規律： 胜鍵 的雙鍵性質形成胜鍵平面；又因兩α 碳上的R 基團與前後相鄰基團的引力 或斥力，使得兩相鄰胜鍵平面間的轉動，限制在一定角度範圍，而造成規律的 兩種主要構形： α 螺旋 (α helix) 、β 長帶 (β sheet) ，是為二級構造 (secondary structure) ，它們的主要構成力量都是氫鍵。氫鍵在細胞內的角色不但重要，而 且分佈非常廣泛。 BCbasics 2005 15 蛋白質 ◆ 請練習畫出一個胜鍵，標出胜鍵平面以及上面的各個原子。 a. α 螺旋 ︰每3.6 個胺基酸捲繞一圈，成為右手旋的螺旋構造，遇Pro 則中止；由 相鄰兩胜鍵平面所夾的角度，可以預測 α 螺旋或其它二級構造的生成 (Ramachandran Plot) 。分子內氫鍵可在螺旋骨架間加上支架，更使得 α 螺旋成 為圓筒狀，有堅固的構形，也是三級構造的組成單位之一。 肌紅蛋白 由八段長 短不等的α 螺旋所組成。 b. β 長帶 ︰像彩帶般的構形，多由數條彩帶組合而成，相鄰彩帶之間以 氫鍵接 合，編成一片堅固的盾形平面。 依相鄰彩帶的 N→C 方向關係，可分為 同向 (parallel) 及 逆向(antiparallel) 兩大類。β 長帶多由R 基團較小的胺基酸 (如Ala, Gly, Ser) 組成。 ◆ 請練習畫出上述