一种基于遗传算法的DNA多序列比对方法.pdfVIP

第 卷 第 期 北 京 工 业 大 学 学 报 年 月 、尸 一种基于遗传算法 的 多序 列 比对方法 龚道雄 , 阮 晓钢 北京工 业大 学 电子信息 与控制工程 学 院, 北京 要 了克 遗 法 用 于 多 列 比 时 遇 到 的 比 列 限 以及 比 寻 速 的 , 出 摘 为 服 传算 应 序 对 所 对序 数受 制 对 优 度慢 缺 点 提 了一种基 于 遗传算法 的 〕 多序列 比对方法 针对 〕 多序 列 比对 的特 点, 指 出 了传 统遗传算 法 中 的交叉操作将为序列 比对带来沉重 的计算 负担 避 开 遗传算法通 常所采 用 的遗传操作算子 , 设计 了独特 的遗传 算子 插人 删 除算子 和 合并分离算子 、 基 于 相 似度评分方法 和 完全 比对块加权 的个体适应度值评价 函 , 用 了 于 和 以 相 度 的 于 字 和 空 矩 阵 的染 数 采 便 插人 删除操作 及 似 评分 基 符 位 色体编码方案 本算法具有操作算 子数量 少 , 算子调 用机制简 明的特 点 最后 , 给 出 了将 应用 于 多序列 比对 的算例 , 实验结果验证 了 本算法 的可行性 关键词 遗传算法 多序列 比对 遗传算子 中图分类号 文献标识码 文章编号 一 一 一 多序列 比对是 现代 生 物序列 分析 的重要 内容 通 过 多序 列 比对 , 可 以预测 新序 列 的结 构和 功 能 , 可 以分 析序列之 间的 同源 关系 , 以及进 行 系 统发育分析 多序列 比对是一个具有 极 高计算 复杂度 的组 合优化 问题 川 遗传算 法 是 一种建立在 自然 选 择和 进化进程 概念 基础 之 上 的求解 复杂 系 统优 化 间题 的 用 , 不 局 , 空 , 于 , 以 通 方法 该方法 因具有 易 陷人 部极小 能处理大 型搜 索