08人类基因组学相关技术课件.pptVIP

第十五章 人类基因组学相关技术 基因组 genome 一个细胞所有染色体的总和。 一个物种的所有DNA分子的总和. 基因组学 genomics 阐明整个基因组的结构、结构与功能的关系以及基因之间相互作用的科学。 第一节 人类基因组计划的主要研究内容 1.遗传图谱 2.物理图谱 3.序列图谱 4.基因图谱 一、遗传图谱 genetic map 指通过遗传重组所得到的基因线性排列图也称为遗传连锁图(linkage map) 。 它是通过计算连锁的遗传标志之间的重组频率，确定他们的相对距离， 一般用厘摩（cM，即每次减数分裂的重组频率为1%）来表示。 构建遗传图谱的基本原理： 真核生物遗传过程中会发生减数分裂，此过程中染色体要进行重组和交换，这种重组和交换的概率会随着染色体上任意两点间相对距离的远近而发生相应的变化。根据这一点，人们就可以推断出同一条染色体上两点间的相对距离和位置关系。 cM值越大，两者之间距离越远。人类基因组的遗传大小已经确定为3600cM 理想的分子遗传标记应具备的特点 遗传多态性高; 检测手段简单快捷，易于实现自动化; 遗传共显性，即在分离群中能够分离出等位基因的3种基因型。 标记遍布整个基因组； 准确性，能正确反映动物的真实遗传，即标记是经济性状基因，还是与影响重要性的性状连锁。 实验重复性好（便于数据交换）； 开发成本和使用成本尽量低廉； 现代的DNA标记连锁图 RFLP（限制性酶切片段长度多态性） （restriction fragment length polymorphism） STR（短串联重复序列，又称微卫星） (short tandem repeat) 基因组内含量丰富、多态信息含量理想、可利用PCR 的手段进行检测 SNP（单个核苷酸的多态性分析） （single nucleotide polymorphism） RFLP的原理 利用限制性内切酶消化基因组DNA，形成大小不等、数量不同的分子片段， 经电泳分离， 通过Southern印迹将DNA片段转移至支持膜 (尼龙膜或硝酸纤维素膜)上， 然后用放射性同位素(32P)或非同位素 (如地高辛，荧光素)标记的探针与支持膜上的DNA片段进行杂交。 不同基因组DNA酶切位点的改变，会使得RFLP谱带表现出不同程度的多态性. 微卫星遗传标记的原理 以微卫星DNA标记两侧特异性序列设计专一引物，通过PCR技术扩增微卫星片段，扩增产物经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，不同个体间因核心序列的重复次数不同而产生DNA多态性。 微卫星遗传标记示意图 二、物理图谱physical map 物理图谱:是指以已知核苷酸序列的DNA片段(序列标签位点，sequence-tagged site, STS)为“路标”，以碱基对(bp，kb，Mb)作为基本测量单位(图距)的基因组图。 序列标签的特点: 基因组中任何单拷贝长度为100～500bp的已知序列 在染色体上的位置明确 可用PCR方法进行扩增的单一拷贝 连续克隆系图： 物理图谱是利用限制性内切酶将染色体切成片段，利用载体将所有的人类基因组DNA分段克隆，然后将含有STS序列的对应克隆相互重叠连接以明确其位置。 YAC的主要缺点 1．存在高比例的嵌合体，即一个YAC克隆含有两个本来不相连的独立片段；2．部分克隆子不稳定，在转代培养中可能会发生缺失或重排；3．难与酵母染色体区分开，因为YAC与酵母染色体具有相似的结构。4．操作时容易发生染色体机械切割。 三、序列图谱 以某一染色体DNA上所含的全部碱基序列绘制图谱，包括： 转录序列 非转录序列 是转录序列、非转录序列、调节序列及功能未知序列的总和。 人类染色体上3.16×109个bp全部顺序 策略：经庞大的DNA分子分区克隆，并赋予一定的标志（遗传图和物理图的标志），逐段进行序列分析，再将序列根据标志拼接起来获得一个完整的DNA分子的核苷酸排列顺序。 PCR技术 DNA自动测序技术 How many characters are in the “Heaven Book”? 3*109 10,000 books 1 book 100 pages 1 page 3,000 characters CCGGTCTCCCCGCCCGCGCGCGAAGTAAAGGCCCAGCGCAGCCCGCGCTCCTGCCCTGGGGCCTCGTCTTTCTCCAGGAAAACGTGGA