蓝藻基因组结构 功能与调控模式的生物信息学研究-bioinformatics study on structural function and regulatory pattern of cyanobacteria genome.docxVIP

摘要蓝藻是现今已知的最古老、最简单的一类微生物。由于蓝藻基因组较小， 所以对其基因组结构与功能进行研究可以更容易和更快地获得比较完整的信 息，而这些信息能够被应用于药物生产、疫苗开发和疾病防治。非编码小 RNA (sRNA)参与调控多种生物学过程，例如转录调节、染色体复制、RNA 加工与 修饰以及蛋白质翻译与降解。对蓝藻 sRNA 的研究可以让我们深入了解蓝藻细 胞复杂的调控机制，对于制作 RNA 干扰片段用于基因沉默实验、揭示人类胚 胎发育以及抑制肿瘤等方面具有重要意义。蓝藻能够主动适应不同的环境，也 能够对周围的生态系统产生重要影响。pH 作为一种重要的环境信号，它能影 响蓝藻的生理过程和毒素合成，对其酸应答调控机制的研究可以为抗生素的研 制提供理论基础。本文从蓝藻菌株的基因组入手，采用生物信息学方法和工具， 首先系统地分析了最新测序的蓝藻基因组结构，解释其重要基因和蛋白质的功 能，然后着重探讨了蓝藻 sRNA 的结构、功能和调控模式，最后构建了蓝藻对 酸胁迫的基因调控网络，并分析了蓝藻细胞的酸胁迫应答机制。本文主要包括以下三部分内容：1. Synechococcus PCC7336 基因组结构解析。我们通过构建本地比对数据 库和本地注释数据库，对已测序的蓝藻菌株 Synechococcus PCC7336 进行解析。 首先预测了该菌株基因组上编码基因的个数、GC 含量和偏移率、核心 RNA 基因数量和常见的重复序列，并通过与蓝藻其他菌株相关数据对比来显示出 Synechococcus PCC7336 的差异性。接着，分析和归纳了该菌株参与光合作用、 信号传导和调控代谢的基因功能。最后，基于 16S rRNA 构建进化树，结果显 示 Synechococcus PCC7336 在进化过程中与聚球藻其他菌株的差异较大，推测 Synechococcus PCC7336 是聚球藻属一个独立的分支。2. 非编码 RNA 及基因岛的功能研究。蓝藻非编码 RNA Yfr 家族到目前为 止已发现 20 个成员，但相关研究报道甚少。我们着重以 Yfr1 和 Yfr7 为研究 对象。通过序列比对，我们首先发现了 Yfr1 和 Yfr7 都有一段非常保守的区域， 具有独立的启动子和终止子。它们的二级结构呈现茎-环-茎的排列方式。然后， 以经典的 Waterman 算法并结合杂交能量来预测 Yfr7 所调控的目标基因，并阐 述了这些基因的细胞分布、分子功能和参与的生物学过程。接着，对 Yfr1 和 Yfr7 作进化分析，结果显示它们都与蓝藻菌株种类和生活环境有关。同时，我 们也对 Yfr 家族的其他成员做了概括性的分析和总结。最后，我们预测出Synechocystis PCC6803 所含有的 11 个基因岛的具体位置，并根据实际作用对这些基因岛进行了分类。3. 低酸环境下蓝藻基因调控网络的构建。我们首先从大肠杆菌、乳球菌 和沙门氏菌中收集与酸胁迫应答相关的基因并将它们映射到 Synechocystis PCC6803 基因组上，构建含有 85 个基因的初始模板。然后利用基因簇排列特 点、全局性调控子、蛋白质相互关系和基因系统发育谱关系对初始模板进行了 扩展，构建出一个含有 264 个基因的完整模板，并根据功能将它们分为 6 类。 随后我们对基因做富集分析，并结合已有文献证实预测结果的可靠性，并绘制 出基因之间的连接关系图。最后我们总结出 Synechocystis PCC6803 在低酸应 答时细胞调控的主要步骤和模型。研究结果表明，一些基因的产物能参与多条 代谢反应。我们采用生物信息学方法，以个体为单位，从序列、结构到进化、调控等 多角度和多层次对蓝藻菌株进行了解析，得到了许多有用的信息，同时也填补 了一些国内外的研究空白。蓝藻在生物燃料、绿色肥料和食品生产等多个方面 都具有重要意义，我们的研究能够为蓝藻在经济生产和生态保护等领域提供指 导价值。关键词：基因组，非编码 RNA，进化，调控，胁迫应答ABSTRACTCyanobacteria is known as one of the simplest and oldest species on the earth. The structure and function of cyanobacteria is studied easier and faster than other species due to its smaller genome, and the related information can be used in drug production and disease prevention. sRNAs participate in various biologi