利用mtdna探究鲭科系统进化关系与鲣katsuwonus pelamis分子系统地理学-exploring the phylogenetic relationship of mackerel and the molecular system of geography of katsuwonus pela mis by mtdna.docxVIP

万方数据 万方数据 利用 mtDNA 探究鲭科系统进化关系与鲣分子系统地理学 摘 要 鲭科(Scombridae)属鲈形目(Perciformes)，鲭亚目(Scombroidei)，是一类上 层的，海洋迁徙鱼类，广泛分布在热带、亚热带和温带海域。鲭科包含有 15 个 属 54 个种，大多数鲭科物种具有很高的经济价值，是重要的海洋经济鱼类，具 有十分重要的经济意义和研究价值。目前，以分子生物学为基础的研究方法逐 渐成为研究物种系统进化关系、物种遗传多样性和物种形成机制的主要手段。 本文成功扩增了鲭科羽鳃鲐属羽鳃鲐线粒体基因组完整序列，初步确定了 羽鳃鲐线粒体组及扩增方法，并分析了羽鳃鲐线粒体基因组的一般结构与组成 等特征；利用线粒体完整序列以及蛋白质整合序列做进化分析，探讨 20 种鲭科 鱼类系统发育关系以及线粒体 DNA 编码基因的适用性。另外，本文还采用线粒 体细胞色素 b（Cytochrome b, Cytb）基因、控制区（Control Region）D-loop 序 列，对鲭科鲣鱼 8 个群体进行分析，探讨其遗传多样性、种群结构、以及种群 演化历史，以期为鲣鱼渔业资源的有效管理和合理开发利用提供基础数据支撑。 主要内容如下： 1. 羽鳃鲐线粒体基因组序列的测定 采用了常规PCR技术，利用10对PCR引物，扩增了羽鳃鲐线粒体基因10个相 互重叠的片段，用PCR产物直接测序。所得线粒体序列全长为165,37bp，登录号 JX524134。实验结果表明，羽鳃鲐线粒体基因组与其他硬骨鱼类一样，包括13 个编码基因(ND1-ND6、ND4L、COXI-COXIII、Cytb)，22个tRNA基因，2个rRNA 基因，2个非编码区（轻链复制起点区和控制区）。基因组的排列紧密，基因间隔 较少，甚至有基因重叠。羽鳃鲐线粒体基因组的碱基组成分析结果表明， G碱 含量偏低，尤其是在蛋白基因的三联体密码子中第三位碱基有明显的G碱基反偏 倚性。研究结果还表明，除ND6基因是在L-链编码外，所有的12个蛋白基因均在 H-链编码；只有COX I基因的起始密码子为GTG，其余12个编码基因的起始密码 子则为ATG。 I 2. 探讨鲭科鱼类的起源与线粒体DNA编码蛋白基因的适用性 通过GenBank数据库中获取了19种除羽鳃鲐以外的鲭科鱼类线粒体基因组， 并分整了各个蛋白基因序列。20种鲭科鱼的13个蛋白质编码序列的平均转换/颠 换值(R)范围是2.07~4.59，Ka/Ks值远远小于1.0，意味着13个蛋白质编码基因在 进化过程中并没有受到正向选择作用。用NJ法构建系统进化树，结合进化树置 信度与信息量，评估每个蛋白基因的系统进化能力。参照前人的研究结果，将13 个蛋白基因的系统进化适用性分为三个等级：ND5，ND4，COXI和Cytb为好； ND2，COXII，ND1，COXIII和ND6为中等；ND3，ND4L,ATP8,和ATP6最差。结 合前人研究，结果表明，鲭科物种中，ND4和ND5的系统进化分析最可靠。 3. 鲣鱼的遗传多样性及演化历史研究 本研究用PCR产物直接测序，成功获得了8个鲣鱼群体的Cytb序列与D-loop 序列。在149尾鲣鱼Cytb序列中，共检测到了132种单倍型。单倍型多样性很高为 0.964~1.000 ；核苷酸多样性为0.00835~0.01167。基于Cytb序列用K-2-P模型对各 群体进行了遗传距离分析，结果表明，8个鲣鱼群体两两间遗传距离比较小，大 小范围在 0.008~0.011之间，而群体内两两间的遗传距离最大值仅为0.012。8个 鲣鱼群体间的Fst值在-0.05373~0.09712之间，遗传分化水平较低且不显著。阶层 分析显示8个鲣鱼群体是一个随机交配的群体。中性检验(Neutral test)和错配分布 (Mismatch analysis)分析均表明8个鲣鱼群体并未经历过种群扩张。 D-loop序列中，检测到了146种单倍型。单倍型多样性为0.964~1.000 ；核苷 酸多样性为0.03765~0.04484。遗传距离分析结果表明，8个鲣鱼群体两两间遗传 距离比较小在 0.040~0.045之间，与种内平均遗传距离相近。鲣鱼8群体间的Fst 值在-0.02283~0.05706之间，遗传分化水平较低且不显著。与Cytb结果一致，显 示 8 个 鲣 鱼 群 体 是 一 个 随 机 交 配 的 群 体 。 中 性 检 验 (Neutral test) 和错配分布 (Mismatch analysis)分析亦表明了8个鲣鱼群体并未经历过种群扩张。 关键词：鲭科，羽鳃鲐，鲣鱼，线粒体基因组，系统进化，遗传多样性，演化 历史 II Phylogenetic study of Scombridae