生物信息学第一篇 章绪论.pptVIP

研究材料 （研究什么？） 研究方法 （如何研究？） 生物学数据 各种计算技术和网络技术 Biology Medicine Maths Physics Computer Science Bioinformatics 生物信息学是多学科交叉产生的一门新兴学科 广义上，生物信息学（Bioinformatics）包含了对生物信息的获取、加工、储存、分析和解释等，并综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具，来阐明大量生物学数据所包含的生物学意义。 生物信息学的定义 “The precise sequence of the bases is the code which carries the genetic information.” Watson Crick, May 30, 1953 “GENETIC IMPLICATIONS OF THE STRU- CTURE OF DEOXYRIBONUCLEIC ACIDS” “Life is of sequence” “Life is digital” John Sulston 2002年，诺贝尔医学奖获得者 生物信息学研究的具体内容 把基因组DNA序列信息分析作为源头，找到基因组中代表蛋白质和RNA基因的编码区，阐明非编码区的信息实质，破译隐藏在DNA序列中的语文规律；同时，归纳、整理与基因组遗传语文信息释放及其调控相关的转录谱和蛋白质谱数据，从而认识代谢、发育、分化、进化的规律。 生物信息学具有三个方面的科学基础 发达的、复杂的、可以相互交流的数据库系统 强有力的创新算法和软件 自动化、大规模、高通量的生物学研究方法与平台技术 基因组信息学 生物信息学包含三个层次上的内容 蛋白质结构的计算与模拟 分子与药物设计 第一章 绪论 — 什么是生物信息学? 第二章 生物学基础知识 第三章 分子生物信息数据库 第四章 核酸序列分析和比对 第五章 分子系统发育和分子进化分析 第六章 基因组分析 第七章 蛋白质组分析 第八章 蛋白质结构预测的原理和方法 Fields of Study Aims and Demands 了解生物信息学这门新兴学科的主要研究内容和研究方法，以及与其他学科间的关系和发展前景。 掌握分子生物数据库的特点、功能以及数据库检索的方法，能够熟练的进行核酸序列分析,以及蛋白质结构分析和预测。 二、生物信息学的生物学内涵 （一）基因与基因组的信息学 大规模基因组测序中的信息分析 ? 新基因和新SNP的发现与鉴定 ? 非编码区信息结构分析 ? 遗传密码起源和生物进化的研究 ? 完整基因组的比较 ? human Arabidopsis 拟南芥 Escherichia coli大肠杆菌 Buchnerasp. APS Rickettsia prowazekii Ureaplasma urealyticum Bacillus subtilis Drosophila melanogaster Thermoplasma acidophilum Plasmodium falciparum mouse Caenorhabitis elegans rat Borrelia burgorferi Aquifex aeolicus Neisseria meningitidis Mycobacterium tuberculosis Borrelia burgorferi Thermotoga maritima Helicobacter pylori 已完成基因组测序的物种 2、新基因和新SNP的发现与鉴定 利用 EST 数据库发现新基因和新 SNP 从基因组DNA序列中预测新 ORF 建立整合基因索引及与之相关的整合蛋白索引 EST( Expressed Sequence tags)表达序列标签 此技术以大规模cDNA测序为基础，即提取生物体的mRNA，进一步获得cDNA文库，挑选其中300-500bp的部分（即EST序列）进行序列测定，然后通过生物信息学手段得到全长的基因序列。通常EST序列位于一段cDNA的3’ 端非翻译区，也可以在该cDNA中随机选取。利用EST技术克隆基因及功能分析，使克隆和定位新基因的策略发生了巨大变革。 SNP（Single nucleotide polymorphisms）单核苷酸多态性 SNP是基因组水平上单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性。 1-4：CC型；5-6：CD型；7-8：DD型 ORF (open reading frame)开放阅读框 基因