生物信息学第七篇 章蛋白质结构分析和预测.pptVIP

五、分析蛋白质的翻译后修饰 几乎所有的蛋白质在合成过程中或者合成后都要经过某些形式的修饰，有的是肽链骨架的剪接，有的是特异氨基酸侧链的化学修饰，这种现象称为翻译后修饰（post-translational modification, PTM）。 蛋白组学研究中涉及较多的三种修饰形式：磷酸化、糖基化和泛素化。 翻译后修饰明显增加了蛋白质的复杂性，同时也增加了蛋白质结构预测的难度和准确度。 糖基化位点预测 http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/ http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/ 泛素化位点预测 GPS-PUP / GPS-PUP local version http://www.expasy.ch/tools/ 蛋白质二级结构预测的用途 蛋白质或其突变体的设计 确定蛋白质间结构和功能的关系 建立正确的序列比对关系 三级结构预测的基础 有助于晶体结构的解析 四、蛋白质三级结构预测 同源建模 折叠识别 从头预测 1、同源建模 一个未知结构的蛋白质，如果有一个与之密切相关的蛋白质的结构已知，而且可以作为结构预测的模板，那么根据序列就可以比较精确的预测出这个蛋白质的三级结构。这种方法叫做同源建模（homology modeling）或比较建模（comparative modeling）。 同源建模基本包括如下几个步骤： 1．使用未知序列搜索已知蛋白质结构。 2．产生未知序列和模板序列最可能的完整比对。 3．以模板结构骨架为模型，建立蛋白质骨架模型。 4．在靶序列或者模板序列的有空位区域，使用环建 模过程代替合适长度的片段。 5．给骨架模型加上侧链。 6．优化侧链的位置。 7．使用能量最小和已知的优化知识来优化结构。 折叠识别是以结构已知的蛋白质折叠子为模板，寻找给定氨基酸序列折叠类型的方法。 2、折叠识别 需要解决的问题： 一个新测定的蛋白质序列是否能够折叠成已知的模式 给定的结构能否在序列数据库中找出所有能折叠成该结构的序列 即使能够判断出一个序列与某个结构相匹配，也难以像同源蛋白结构预测一样构建出可靠的结构模型。 远缘蛋白序列也可能折叠出类似的空间结构，但并不意味着它们有相似的生物学功能。 2、折叠识别 前两种方法的缺点是只能预测那些有合适模板的蛋白质的结构。 从头预测的方法不需要任何结构信息，直接由蛋白质序列预测其空间结构。缺点是会产生庞大的数据。 分子动力学模拟 二级片段堆积法 3、从头预测 蛋白质三级结构预测 3D-pssm http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~3dpssm/index2.html 3D-PSSM 预测的SjIR-3蛋白质空间结构 蛋白质三级结构预测 Swiss-model （同源建模） / Swiss-model 预测的SjIR-3蛋白质空间结构 提交氨基酸序列 http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/ 五、蛋白质跨膜区预测 膜蛋白结构 五、蛋白质跨膜区预测 跨膜区特点 膜蛋白跨膜区氨基酸具有极强疏水性 跨膜区的二级结构一般为α螺旋和β筒状结构 20-30个连续高度疏水氨基酸可以α螺旋形式穿越脂双层；β筒跨膜区的氨基酸只有20个左右。 五、蛋白质跨膜区预测 预测原理 20个氨基酸为单位的疏水性氨基酸残基的区域是蛋白质跨膜螺旋 正电荷居内规则 带正电荷的氨基酸主要分布在紧靠膜内连接跨膜区的环上。 五、蛋白质跨膜区预测 TMHMM http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/ TMHMM输出结果 http://www.enzim.hu/hmmtop/ 五、蛋白质跨膜区预测 HMMTOP HMMTOP数据提交界面 HMMTOP输出结果 PredictProtein / 第七章 蛋白质结构分析和预测 生 物 信 息 学 山西农业大学动物科技学院 蛋白质结构预测是指从蛋白质序列预测出其三维空间结构。 蛋白质的生物学功能依赖于其空间结构，因此进行蛋白质结构预测对理解蛋白质结构与功能的关系，进行蛋白质工程和药物设计具有重要意义。 一、蛋白质结构的价值 1、结构与功能的一致性 例1：肌球蛋白和血红蛋白的结构十分相似，这反映了它们进化上的关系和作为氧携带者的保守功能；但它们氨基酸序列的相似性只有39％。 可能会有数以千计的假想蛋白质和已知蛋白质具有相似的关系，它们的序列分化的很远以至于不能再用序列分析检测同源关系，但是它们的结构可以识别它们之间的同源关系。 一、蛋白质结构的价值 一、蛋白质