生物信息学第二篇 章分子生物信息数据库.ppt

程 序 检测序列 数据库类型 功 能 Blastp p p 在蛋白质序列库中比对待检蛋白质序列 Blastn n n 在核酸序列库中比对检测核酸序列 Blastx n(翻译) p 在蛋白质序列库中比对待检核酸序列(用所有6种读框翻译) Tblastn p n (翻译) 在核酸序列库(用6种读框即时翻译)中比对待检蛋白质序列 Tblastx n (翻译) n (翻译) 在核酸序列库(用6种读框即时翻译)中比对待检核酸序列(同样用所有6种读框翻译) BLAST程序检测序列和数据库类型 6 种阅读框架 G F C N * F F T * L N ? W L L Q L I L N L A * C M A S A T N S S L S L M ? 5’ ATGGCTTCTGCAACTAATTCTTCACTTAGCTTAATGC 3’ 3’ TACCGAAGACGTTGATTAAGAAGTGAATGCAATTACG 5’ ? P L Q W * N L V * T L A H S R C S I R * L R * H ? A E A V L E E S V N I 核苷酸序列（DNA/RNA） BLASTn 比较检测序列和DNA数据库中的目标序列 输出文件分析（如序列比对） 蛋白质序列 BLASTp 比较检测序列和蛋白质数据库中的目标序列 输出文件分析（如序列比对） 推导可能的蛋白质功能 新序列的DNA BLASTx 发现潜在的编码区（外显子） 输出文件分析（如序列比对） 发现的潜在编码区翻译成氨基酸序列 比较翻译的氨基酸序列与数据库中的已知序列 蛋白质序列 tBLASTn 比较DNA数据库中的六框翻译的核苷酸序列 输出文件分析（如序列比对） Length Database Purpose BLAST Program 20 bp or longer Nucleotide Identify the query sequence MEGABLAST?????(accept batch queries)Standard BLAST?????(blastn) Find sequences similar to query sequence Standard BLAST????? (blastn) Find similar proteins to translated query in a translated database Translated BLAST?????(tblastx) Protein Find similar proteins to translated query in a protein database Translated BLAST?????(blastx) 7 - 20 bp Nucleotide Find primer binding sites or map short contiguous motifs Search for short, nearly exact matches If your sequence is NUCLEOTIDE Length Database Purpose BLAST program 15 residues or longer Protein Identify the query sequence or find protein sequences similar to query Standard Protein BLAST?????(blastp) Find members of a protein family or build a custom position-specific score matrix PSI-BLAST Find proteins similar to the query around a given pattern PHI-BLAST Conserved Domains Find conserved domains in the query CD-search?????(RPS-BLAST) Conserved