遗传学课件13第十三篇 章基因组学.pptVIP

（1）构建作图群体 亲本选择 利用选好的材料配置杂交组合，建立分离群体。 第一类为临时性分离群体，如F2、F3、BC和三交群体等。临时性群体容易获得，而且能提供丰富的遗传信息。该群体中分离单位是个体，一经自交其遗传组成就会发生变化。 第二类为永久性分离群体，如重组自交系群体（recombinant inbred lines，RIL）和双单倍体群体（doubled haploid lines，DH）等。 图13-3 遗传群体的构建 高代回交群体（渗入系） F1 × 特青 元江普通野生稻 × 特青 BC1F1 × 特青 BC2F1 × 特青 BC3F1 BC3F2 BC3F3 BC3F4 初级渗入系 次级渗入系（120个稳定的系） U U U U U 连续自交2次 （2）遗传标记的染色体定位 单体分析、三体分析、代换系与附加系分析。依据染色体剂量的差异将遗传标记定位在相应染色体上； 染色体原位杂交技术确定分子标记所在的染色体。 利用亲本间有多态性的分子标记分析分离群体单株基因型，根据标记间的连锁交换情况以及趋于协同分离的程度，即可确定标记间的连锁关系和遗传距离。 植物中作为模式植物的水稻基因组图谱密度较高，1994年绘制的第一张水稻高密度遗传图谱仅有927个位点，含有1383个标记；1998年将2275标记定位到1157个位点上；2000年最终的水稻高密度遗传图标记为3267个。 （3）标记间的连锁关系分析 JRGP Nipponbare/Kasalath RFLP 2000 : 3264 markers, 1530.4cM 据 2、人类遗传图谱的绘制 现有人类的遗传图谱是利用家系分析法，利用5264个微卫星标记对8个家系的134个成员进行分析的基础上绘制1-22号染色体图谱。对于X染色体图谱，还利用了来自另外12个家系170个成员的资料。最后，将5264个标记定位在2335个位点，因为其中有些标记相距很近而作为一个位点。这样获得的人类基因组遗传图谱的密度为每个标记599kb，比预期的每个标记1000kb要好的多。 二、物理图谱构建 物理图谱:利用限制性内切酶将染色体切成片段，再根据重叠序列确定片段间连接顺序，以及遗传标志之间物理距离〔碱基对(bp) 或千碱基(kb)或兆碱基(Mb)〕的图谱。 （二）物理图谱绘制的途径 1、限制酶作图（Restriction mapping） 比较不同限制酶产生的DNA片段的大小。 首先用一种限制酶处理样品，经琼脂糖凝胶电泳分离染色后可见大小确定的DNA片段。然后用第二种限制酶处理获得第二组片段。最后用两种酶混合处理，获得第三组片段。收集所有上述资料进行对比组装，对于两种酶切位点交替出现的区段，利用加减法即可确定酶切位点的相对位置。 根据克隆的DNA片段之间的重叠顺序构建重叠群 (contig), 绘制物理连锁图。 相互重叠的DNA片段组成的物理图称为重叠群，克隆重叠群的组建采用染色体步移法。 首先从基因组文库中挑取一个指定的或随机的克隆，然后在文库中寻找与之重叠的第二个克隆。在第二个克隆的基础上再寻找第三个克隆，依次延伸，是最早用于组建克隆重叠群的方法。在基因组范围内查找重叠的克隆，最好的方法首推克隆指纹排序。 2、基于克隆的基因组作图 (Clone-based mapping) 指纹就是指确定DNA样品所具有的特定DNA片段组成，一个克隆的指纹表示了该克隆所具有的限定的物理特征，可以同其它克隆产生的同类指纹相比较。如果指纹重叠，表明这二个克隆具有共同的区段。如图13-5所示，克隆A与B以及B与C的限制性酶切指纹有50%的相似，说明这三个克隆具有部分重叠序列，克隆D与以上三个克隆没有相似的指纹，因而可以断定与他们不重叠。 图13-6 荧光原位杂交原理示意图 指将荧光标记的探针与染色体杂交确定分子标记所在位置的方法。 3、荧光标记原位杂交（Fluorescent in situ hybridization, FISH） 4、顺序标签位点（Sequence tagged site, STS）作图 STS是一小段长度在100到500 bp的DNA顺序，每个基因组仅一份拷贝，很易分辨。当两个片段含有同一STS顺序时，可以确认这两个片段彼此重叠。两个不同的STS出现在同一片段的机会取决于它们在基因组中的位置靠得多近。如果它们彼此邻接，这两个STS总会同时出现在相同片段上。如果它们相距甚远，有时会在同一片段，有时则在不同片段。要将一组STS作图定位，必需收集来自同一染色体或整个基因组随机断裂的DNA片段。不同DNA片段之间有各种可能的重叠，可以覆盖整个作图区段。依次采用单个STS挑出它们所在的DNA片段，根据它们彼此的重叠关系可以逐段绘DNA物理图。