【生物课件】第三章 蛋白质分子设计.ppt

第一章绪论 第二章蛋白质结构基础 第三章蛋白质分子设计 第四章蛋白质的修饰和表达 第五章蛋白质理化性质的分析和鉴定 第六章蛋白质工程的实际应用 蛋白质分子设计 基于天然蛋白质结构的分子设计 蛋白质设计原理 蛋白质设计中结构与功能关系的研究 天然蛋白质剪接 全新蛋白质设计 蛋白质的从头设计 蛋白质设计的目的 为蛋白质工程提供指导性信息 探索蛋白质的折叠机理 蛋白质设计存在问题 设计的蛋白质与天然蛋白质相比缺乏结构的独特性极明显的功能优越性 设计的蛋白质有正确的形貌、显著的二级结构及合理的热力学稳定性，但三级结构的确定性较差 按照改造部位的多寡分为三类： 第一类为“小改”，可通过定位突变或化学修饰来实现； 第二类为“中改”，对来源于不同蛋白的结构域进行拼接组装； 第三类为“大改”，即完全从头设计全新的蛋白质（de novo design） 蛋白质的分子设计 可分为两个层次 在已知立体结构基础上所进行的直接将立体结构信息与蛋白质的功能相关联的高层次的设计工作 在未知立体结构的情形下借助于一级结构的序列信息及生物化学性质所进行的分子设计工作 蛋白质分子设计程序 蛋白质分子设计程序：各种蛋白质结构预测和分子设计程序 按照蛋白质分子设计的层次分为序列分析、二级结构预测、同源蛋白质结构预测、蛋白质突变体结构预测、蛋白质的性能预测和蛋白质分子设计六个部分 蛋白质分子设计流程图 蛋白质分子设计大致涉及的几个重要方面 蛋白质来源：真菌、细胞、动物蛋白质和植物蛋白质 筛选以及纯化蛋白质需要测定它们的序列、三维结构、稳定性、催化活性等 蛋白质三维结构的判断 目前PDB(Protein Data Bank)已收集数以万计个蛋白质晶体结构，但是通常蛋白质序列的数目比蛋白质三维结构的数目大100倍。 1、对于已知三维结构的蛋白质：根据PDB中三维结构对蛋白质进行设计 2、对于位置三维结构的蛋白质：如果PDB中没有收录又未见文献报道，我们需要通过蛋白质X射线晶体学及NMR方法测定蛋白质的三维结构，或者通过结构预测的方法构建该蛋白质三维结构模型 计算机模拟技术在蛋白质设计循环中占有重要位置。建立蛋白质三维结构模型，确立突变位点或区域以及预测突变后的蛋白质的结构与功能对蛋白质工程是至关重要的 专一性突变产物是蛋白质设计成败的关键。一些新技术，如PCR及自动化技术的发展使各种类型的基因工程变得快速、容易 二、蛋白质设计原理 ①内核假设。所谓内核是指蛋白质在进化中保守的内部区域。在大多数情况，内核由氢键连接的二级结构单元组成 ②所有蛋白质内部都是密堆积(很少有空穴大到可以结合一个水分子或惰性气体)，并且没有重叠。 ③所有内部的氢键都是最大满足的(主链及侧链) ④ 疏水及亲水基团需要合理地分布在溶剂可及表面及不可及表面 ⑤ 在金属蛋白中，配位残基的替换要满足金属配位几何，符合正确的键长、键角及整体的几何 ⑥ 对于金属蛋白，大部分配基含有多于一个 与金属作用或形成氢键的基团。其余形成围绕金属中心的氢键网络，这涉及与蛋白质主链、侧链或水分子的相互作用 ⑦ 最优的氨基酸侧链几何排列 ⑧ 结构及功能的专一性。形成独特的结构，独特的分子间相互作用是生物相互作用及反应的标志 蛋白质设计的目标及解决办法 蛋白质突变体设计步骤 1）以蛋白质的三维结构为基础，利用计算机模拟技术确定突变位点及替换的氨基酸 2）利用能量优化及蛋白质动力学方法预测修饰后的蛋白质结构 3）预测的结构与原始的蛋白质结构比较，利用蛋白质结构-功能或功能-稳定性相关知识及理论计算预测新蛋白质可能具有的性质 注意问题 A 应确定蛋白质折叠敏感的区域，包括带有特殊扭角的氨基酸、盐桥、密堆积区等 B 应确定对功能非常重要的位置 C 考察剩余位置对所希望改变的影响 D 当进行互换或插入/删除残基是应考虑他们对结构特征的影响，如疏水堆积、侧链取向、氢键、盐桥等 三、蛋白质设计中的结构－功能关系研究 定位突变在蛋白质结构与功能关系研究中的作用 突变蛋白质构象的探测 定位突变种类 插入一个或多个氨基酸残基 删除一个或多个氨基酸残基 替换或取代一个或多个氨基酸残基 最大量的定位突变是在体外利用重 组DNA技术或PCR方法 突变蛋白质结构的评估 溶解性 热力学分析 Ｘ射线晶体学及ＮＭＲ谱 园二色散方法 单克隆抗体探测构象变化 蛋白质中功能残基的鉴定 1．根据已知结构信息确定功能残基 2．突变实验方法鉴定功能残基 随机突变和删除分析及连接片断扫描突变 3．利用蛋白质同源性鉴定功能残基 天然蛋白质的剪裁 分子剪裁：指在对天然蛋白质的改造中替换1个肽段或1个结构域 应用：抗体分子的改造；Rop 结构与功能的容忍度 蛋白质结构及功能对残基的替换有一定的