蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构.ppt

稳定蛋白质三维结构的力 Hydrogen bond (氢键) van der Waals force (范德华氏力) Hydropholic interaction (疏水作用) Salt bridge (盐桥) Di-sulfide bond (二硫键) R基团的电荷 R基团的大小 G和P的出现 纤维状蛋白质(fibrous protein) ：单一类型的二级结构 球状蛋白质（globular protein)：丰富的三级结构 Biochemistry in life aa(a helix bundle) bb 球状蛋白质与三级结构 球状蛋白质及起亚基的分类 1.全a结构（反平行a螺旋）：螺旋一上一下地反平行排列，相邻螺旋之间以回环（无规则卷曲或b转角）相连，形成类似筒形的螺旋束 球状蛋白质三维结构的特征 球状蛋白质同时含有几种类型的二级结构元件 球状蛋白质三维结构具有明显的折叠层次（二级结构——超二级结构——三级结构——四级结构） 球状蛋白质分子是致密的球状或椭圆状实体 球状蛋白质疏水残基埋藏在分子内部，亲水残基暴露在分子表面 球状蛋白质分子的表面有一个空穴或裂沟，提供结合配体的功能 亚基缔合与四级结构 亚基缔合的优越性 蛋白质的变性和折叠 蛋白质的复性 Q: 复性过程中，肽链是如何能折叠到“正确”的构象的？链内“二硫键”的形成如何保证处于正确的位置？ 蛋白质复性的途径 Biochemistry in life 2） 双绕平行b片（double wound parallel b-sheet)或马鞍形扭曲片，由4-9个平行的b股构成开放式的b片，b片的两侧由a螺旋和回环保护 3.全b结构（反平行b片） 疏水残基和亲水残基分别在片层的两侧，两层b片的疏水面对合形成疏水区，相背的两面暴露于溶剂。 反平行b桶 和单绕平行b桶相似，但对称性差 2）反平行b片（露面夹心，open-face sandwich) 含3-15个b股的单层反平行b片，不闭合成桶；b片的一侧有一层a螺旋和回环，b片的另一侧暴露于溶剂 4.富含金属或二硫键的小蛋白质结构 小蛋白质（或结构域），含少量有规则的二级结构，但富含金属或二硫键 Human serum albumin (Mr 64,500) has 585 residues in a single chain. Given here are the approximate dimensions its single polypeptide chain would have if it occurred entirely in extended b conformation or as an a helix. 亚基缔合的驱动力主要是疏水作用，亚基之间的结合主要是氢键和离子键。 含有二条以上多肽链的蛋白质具有四级结构 蛋白质分子中各亚基的空间排布及亚基接触部位的布局和相互作用，称为蛋白质的四级结构。 有些蛋白质分子含有二条或多条多肽链，每一条多肽链都有完整的三级结构，称为蛋白质的亚基 (subunit)。 由2个亚基组成的蛋白质四级结构中，若亚基分子结构相同，称之为同二聚体(homodimer)，若亚基分子结构不同，则称之为异二聚体(heterodimer)。 血红蛋白的四级结构 结构更稳定：蛋白质的表面积与体积之比降低 提高遗传经济性和效率：编码单体所需的DNA比编码和完整蛋白相同分子质量的多肽所需的DNA要少 使生化反应效率提高：催化部位集中 具有别构效应 别构效应（allosteric effect）：配体与寡聚蛋白质上的一个部位结合将通过构象变化影响同一蛋白质分子上其他部位的结合亲和力 天然蛋白质（native protein): 在生物学条件下，一种蛋白质占优势的构象只有一种或少数几种，它们在热力学上是最稳定的，并具有生物活性 变性(denaturation)：在和生理环境不同的条件下，蛋白质的构象发生或大或小的变化，导致蛋白质丧失生物功能 引起蛋白质变性的因素：温度、pH、溶剂、变性剂 温度：主要影响氢键 pH: 改变蛋白质的电荷，从而引起基团间的静电排斥和破坏某些氢键 溶剂和变性剂：主要影响了氢键或破坏球状蛋白质内核的疏水相互作用 蛋白质的变性过程存在协同效应：局部结构的丧失立即降低其余部分的稳定性 在变性因素除去后，变性的蛋白质又可重新回复到天然构象，这个过程叫复性（renaturation） 是否所有的蛋白质的变性都是可逆的？ 经典的可逆变性试验：RNase A二硫键 的破坏和修复 Ribonuclease A became reduced and randomly coiled (denatured) in 8 M urea