第3章 生物信息的传递(上)-转录PPT.ppt

可设计寡聚Oligo (dT)片段合成cDNA 应用二： mRNA: 5` NNNN…..NNNNNNAAA…AA 3` dTdTdT…dTdT 5` cDNA: 3` dNdNdNdN…..dNdNdNdNdNdNdTdTdT…dTdT 5` 6. 常含有内含子 Eukaryotic mRNA is modified, processed, and transported 3.5 终止和抗终止 3.5.1 不依赖于ρ因子的终止 3.5.2 依赖于ρ因子的终止 3.5.3 抗终止 3.5.1 不依赖于ρ因子的终止 该类终止反应的显著特点: 无其他任何因子参与，核心酶也能在某些位点终止转录。终止反应由内在终止子（intrinsic terminator）决定。 内在终止子的基本结构 ① 二级结构中的发夹(长度7-20 bp; 发夹靠近基部通常有一个G-C富集区）。 ② 转录单位最末端的连续约6个U残基组成的片段。 这两个特点都是终止所必需的。 在大肠杆菌基因组中，符合这些标准的序列约有1100个（约一半）。 终止需要的DNA序列位于终止位点序列之前; RNA发夹结构的形成可能是必需的。 3.5.2 依赖于ρ因子的终止 ρ因子的基本结构 ρ因子是大肠杆菌的一种基本蛋白质，只在终止阶段发挥作用，由6个相同亚基组成。作为RNA聚合酶的辅助因子行使功能。大肠杆菌中ρ-依赖型终止子占所有终止子的一半左右。 Rho has an N-terminal RNA-binding domain and a C-terminal ATPase domain. A hexamer in the form of a gapped ring binds RNA along the exterior of the N-terminal domains. 2. ρ因子的作用机理 “热追踪（hot-pursuit）”模型： ◆ρ因子结合：最初结合到RNA终止子上游一个伸展的（约70个核苷酸）单链区。 ◆ρ因子移动：结合到RNA上后，发挥ATP酶活性以提供在RNA上滑动的能量，直到它到达RNA-DNA杂合链区域(可能ρ因子沿RNA移动比聚合酶沿DNA移动的速度快)， ◆ 终止：ρ因子发挥解旋酶活性，使双链体结构解开。 ρ因子终止转录 RNA聚合酶转录DNA ρ因子结合到RNA上的识别位点 ρ因子沿RNA移动，跟着RNA的伸展方向 RNA聚合酶在终止处停止， ρ因子赶上 ρ因子使DNA-RNA杂合链解旋 终止：所有的组分分开 Rho terminates transcription RNA polymerase transcribes DNA Rho attaches to rut site on RNA Rho translocates along RNA RNA polymerase pauses at hairpin and rho catches up Rho unwinds DNA-RNA hybid Termination: all components released A rut site has a sequence rich in C and poor in G preceding the actual site(s) of termination. The sequence correspodns to the 3` end of the RNA. 3.5.3 抗终止 1. 抗终止定义 RNA聚合酶越过一个或多个终止子实现通读。 2. 抗终止的两种作用方式 ① 破坏终止点RNA的茎-环结构 ② 抗终止蛋白作用于RNA聚合酶 Termination of transcription can be regulated Antitermination extends the transcription unit 抗终止蛋白可作用在RNA聚合酶上，使之越过特定终止子而通读。 3.6 内含子的剪接、编辑、再编码及化学修饰 3.6.0 几个重要概念 3.6.1 RNA中的内含子 3.6.2 RNA的剪接 3.6.3 RNA的编辑、再编码及化学修饰 3.6.4 核 酶 3.6.5 RNA在生物进化中的地位 3.6.0 几个重要概念 1. 基因和顺反子 2. 断裂基因、内含子和外显子 3. hnRN