综合化学实验—配位化学与生物无机化学部分.ppt

综合化学实验——配位化学和生物无机化学部分 切割DNA的金属配合物 实验内容 实验3 功能型甘氨酸铜配合物的合成和表征 模板合成 IR光谱表征 自由基的UV光谱检测 实验4 功能型甘氨酸铜配合物对质粒DNA的切割 琼脂糖凝胶电泳 凝胶成像 总学时：15 学时 地点：丰盛堂218室 DNA的自由基断裂 配合物与未受损的DNA表面结合并诱导其断裂 进一步在新的断裂处结合 断裂反应 互补链的断裂 实验背景——模拟博莱霉素 在天然物质中，由5 个氨基酸、2 个六碳糖和1 个氨基侧链构成的博来霉素（bleomycin）可导致DNA链的断裂,从而作为一族广谱抗菌抗肿瘤药物。 博莱霉素的活性中心 导致DNA链的断裂原因是由于博来霉素分子的一部分是铁或铜的配合物，这类配合物能够产生导致DNA链断裂的自由基。 博莱霉素的模型化合物 Pamatong, F. V.; Detmer. C. A., III; Bocarsly, J. R.; J. Am. Chem. Soc., 1996, 118, 5339. Detmer. C. A., III; Pamatong, F. V.; Bocarsly, J. R.; Inorg. Chem., 1996, 21, 6292. 氨基酸铜化合物的合成路线 模板反应的化学机理 化合物1的红外光谱 化合物2的红外光谱 氢氧自由基的形成和UV光谱检测 由于罗丹明B可与HO·迅速反应，并在553nm有强吸收，因此我们可以利用此反应采用分光光度法检验HO·的生成。 琼脂糖凝胶电泳 凝胶浓度选择——琼脂糖凝胶的浓度与DNA分离范围 电泳缓冲液 核酸电泳的指示剂 核酸电泳的染色剂——溴化乙锭 电泳实验装置 电泳实验方法 配制琼脂糖凝胶及倒胶 0.5×TBE电泳缓冲液100ml于三角烧瓶中，称取一定量的琼脂糖粉放入后沸水锅或微波炉内加热熔化，冷却至60℃(需要时可加入EB)，倒入电泳槽中，待凝固。 向电泳槽中倒入0.5 × TBE，其量以没过胶面2mm为宜，小心移去梳子（如样品孔内有气泡，应除去） 上样与通电 在DNA样品中加入0.2体积的载样缓冲液，混匀后，加入样品孔内 接通电源，一般红色为正极黑色为负极，切记DNA样品由负极往正极泳动（靠近加样孔的一端为负），电压为1 — 5V/cm（长度以两个电极之间的距离计算） 根据指示剂泳动的位置，判断是否终止电泳。一般 电泳条件为：电压 90V，时间 40min。 结果观察和记录 紫外仪上观察电泳带及其位置 拍照 进一步使用软件对光密度进行分析 DNA断裂的凝胶电泳图 合成实验要点 检查回流装置是否保持干燥 硝酸铜在称量前用滤纸吸干固体表面潮解的溶液 合成实验中前半个小时注意观察反应混合物的颜色变化，亮蓝色或紫蓝色为反应正常 实验中化合物合成与DNA断裂实验需交叉进行， DNA断裂所需的配合物由准备室提供 若硝基还原使用了较多溶剂，需使用旋转蒸发器除去多余溶剂 凝胶电泳照相需戴手套 实验技术和方法 模板合成——大环化合物的合成方法（218室） 旋转蒸发器——除去多余溶剂（218室） 红外光谱——化合物结构表征 （201室） 紫外可见光谱——跟踪罗丹明B与氢氧自由基的反应（204室） 凝胶电泳——切割DNA （210室） 凝胶成像分析——检测DNA断裂状况（210室） 实验要求 写好预习报告（查阅药品及溶剂的性质、羧基和硝基的IR特征峰值、光谱技术原理及思考题预习等） 实验中做好实验记录及相关计算（包括实验现象、产品重量、产率等） 做好每一次测试，并打印结果 实验结束时提交最终产品和测试图谱供检查 对实验结果作简要讨论 下一次实验提交本次实验报告 遵守实验规则，严禁违规操作，做好清洁值日 参考书 （配位化学、生物无机化学、生物技术） V. V. Gerbeleu, V. B. Arion, J. Burgess, “Template synthesis of macrocyclic compounds”, WILEY-VCH verlag GmbH, 1999. 计亮年，黄锦汪、莫庭焕等编著，《生物无机化学》（第二版），中山大学出版社，2001。 杨频，高飞编著，《生物无机化学》，科学出版社，2002。 F.奥斯伯， R.布伦特， R.E.金斯顿 等， 《精编分子生物学实验指南》，1998年6月第1版。 * 指导教师：毛宗万 黄华珍 cesmzw@mail.sysu.edu.cn huanghuazhen@mail.sysu.edu.cn 中山大学化学与化学工程学院 2009年10月 Ⅰ 超螺旋DNA Ⅱ 缺刻型DNA Ⅲ 线型DNA 自由基机理 自由基进攻糖环或碱基，导致氧化破坏 酯水解机理 亲核试剂