分子生物学概论基因基因组和基因组学课件.ppt

School of Laboratory Medicine, Wenzhou Medical College * 序列图谱：是分子水平上最高层次，最为详尽的物理图谱，可得到全部的DNA序列。 实际上是一长串由4个字母（A、G、C、T）组成的碱基序列，是由30亿个字母写成的“天书”。 School of Laboratory Medicine, Wenzhou Medical College * 基因图谱（转录图谱）：在识别基因组所包含的蛋白质编码序列的基础上绘制的结合有关基因序列、位置及表达模式等信息的图谱。 此图的目的是找出基因顺序与具体遗传现象的一一对应关系，是真正意义的实际应用。 School of Laboratory Medicine, Wenzhou Medical College * HGP对医学和社会发展的影响： 新药的开发； －估计人类基因中可能称为药物靶点的基因数约为3000个； 个性化给药/个性化医学； －个人遗传背景不同，对相同药物可有不同的反应；药物遗传学； 司法鉴定 对社会伦理的影响，个人基因档案，基因歧视？ 结构基因组学 主要包括全基因组测序和序列信息的结构分析。 基因组研究的中心内容之一。 真核生物染色体基因组特点 真核生物基因组存在大量的重复序列 ； 真核基因组的另一特点是存在多基因家族与假基因 。 真核生物的染色体基因组一般比较庞大，例如人的单倍体基因组由3×109bp碱基组成，按1000个碱基编码一种蛋白质计算，理论上可有300万个基因。但实际上，人类基因组中仅含有25000～30000个基因。 这些与表达无关的DNA大部分是基因间隔区序列，基因间隔区序列主要由重复DNA构成。 只有很少一部份（约占2-3％）的DNA序列用以编码蛋白质和结构RNA。 真核生物基因组存在大量的重复序列 单拷贝序列 中度重复序列 高度重复序列 单拷贝序列（低度重复序列） 在单倍体基因组中，单拷贝序列只有一个或几个拷贝，占DNA总量的40-80％： 果蝇中占79％，小鼠中占70％。 结构基因基本上属于单拷贝序列，储存的巨大遗传信息，用来编码各种不同功能的蛋白质，体现了生物的各种功能。 中度重复序列 中度重复序列在真核基因组中重复次数为10～105，占DNA总量的10-40％： 果蝇中占15％，小鼠中占20％。 编码rRNA、tRNA、组蛋白以及免疫球蛋白的结构基因等都属于这一类，另有部分可能与基因的调控有关。 Alu家族 Alu家族是灵长类基因组特有的含量丰富的中度重复序列，是散在重复序列中最大的一个家族，因序列内部有限制性内切酶AluI的酶切位点而得名。 Alu序列每个成员的长度约300bp，由两个130bp的正向重复序列组成，二者之间有31bp的间隔序列，Alu序列的重复次数为30-50万次。 rRNA基因 rRNA基因通常集中成簇存在，而不是分散于基因组中，这样的区域称为rDNA，如染色体的核仁组织区（nucleolus organizer region）即为rDNA区。 图 非洲爪蟾的rRNA基因结构 高度重复序列 高度重复序列在真核基因组中重复次数可高达百万(106)以上，在基因组中所占比例随种属而异，约占DNA总量10-60％，可以集中串联排列在某一区域。 典型的高度重复序列DNA有反向重复序列(inverted repeats)和卫星DNA(satellite DNA)。 反向重复序列 ：是指两个相同顺序的互补拷贝在同一DNA链上的反向排列。 卫星DNA 是另一类高度重复序列，这类重复序列的重复单位一般由2-10bp组成，成串排列。 图 反向重复序列－发夹式结构 反向重复序列 ：两个相同顺序的互补拷贝在同一DNA链上的反向排列。 重复序列的多态性 DNA多态性是指DNA序列发生变异从而导致的个体间核苷酸序列的差异，主要包括： 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP） 串联重复序列多态性（tandem repeats polymorphism） 一般认为，DNA序列的某一特定位点的变异频率低于1%为基因突变，高于1%则为DNA分子多态性。 SNP是由基因组DNA上的单个碱基的变异引起的DNA序列多态性。是人群中个体差异最具代表性的DNA多态性，相当一部分还直接或间接与个体的表型差异、对疾病的易感性或抵抗能力、对药物的反应性等相关。SNP被认为是一种能稳定遗传的早期突变。 Alu序列多态性 Alu序列每个成员的长度约300bp，由于其内部都有一个限制性内切酶AluI的酶切位点（AG↓CT），将其切割为170bp和130bp的两个片段；但是这种序列很容易形成限制性内切