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基于分子信标DNA自组装模型研究 　　摘 要：分子信标操作简单且不必与未反应的探针分离即可进行实时检测，将分子信标与自组装结合，将为DNA计算研究提供新的思路及方法。本文介绍了基于分子信标的DNA自组装模型的算法思想，阐明了分子信标设计要点，描述了生物实现步骤，并对如何提高分子信标的检测准确性做了展望。 　　关键词：分子信标 自组装 DNA计算 　　中图分类号：TP2 文献标识码：A 文章编号：1673-9795（2014）05（a）-0115-02 　　Model Study of Self Assembled Molecular Beaeon Based on DNA 　　Zhang Wenyi Zhang Zhe Li Nan 　　（Anhui University of Science and Technolgy，AnhuiHuainan，232001 China） 　　Abstrat：Molecular beacon owns simple operation and can do real-time detection without separate the unreacted probes. The combination of molecular beacon and self-assembly will provide a new and effective method of studying DNA computing.This article introduces the algorithm ideas of DNA self-assembled model based on molecular beacon，clarifies molecular beacon design points，describes the biological implementation steps and do prospect of how to improve the detection accuracy of molecular beacons. 　　Key Words：Molecular Beacon；Self-Assembly；DNA Computing 　　自20世纪80年代中期开始并已完成的人类基因组计划为理解所有生命活动的分子机制奠定了基础。其中最早出现的是与DNA相关的基因组学，它是一门解码生命所有信息的新的前沿科学。基因是细胞和个体遗传信息贮存和传递的基本单位，遗传信息的载体是以DNA和RNA两大类核苷酸为基本组成单位的核酸。生命科学研究需要能够高灵敏度、高选择性地定量研究基因组和蛋白组的信息，而研究这些的基础是对核酸的研究检测。 　　核酸的基本组成单位为核苷酸，核苷酸间的差异主要是碱基不同，因此核苷酸序列可以用碱基序列表示。1953年，J.Watson和F.Crick发表了DNA双螺旋结构模型的论文[1]，这一发现既是分子生物学发展的里程碑，又是核酸分子探针的理论基础。分子信标作为一种新型的荧光探针，以特异性强、灵敏度高、操作简单、可对核酸进行实时定量测定、甚至可用于活体分析的特点在生物、医学等领域得到了广泛的应用和发展。 　　1 核酸杂交原理与分子信标 　　1.1 核酸杂交原理 　　DNA的变性与复性是核酸分子杂交的原理。在某些理化因素的作用下如温度、pH、离子强度等，DNA双链互补碱基对间的氢键断裂，使得DNA双螺旋结构成为单链的现象即为变性。DNA变性不改变它的核苷酸序列，只改变其二级结构。实验室最常用的方法之一是加热。DNA变性从开始解链到完全解链，紫外光吸收值达到最大值的50%时的温度称为DNA的解链温度。变性DNA在适当条件下，两条互补链重新配对恢复天然双螺旋构象的现象称为复性。热变性的DNA经缓慢冷却后复性的过程称为退火。DNA的复性速度受温度的影响，如要使其复性，需要温度缓慢下降。若在加热后将其迅速冷却至低温，则几乎不能复性。DNA复性的最佳温度一般认为比Tm低25℃。 　　1.2 分子信标 　　分子信标是1996年Tyagi和Krammer[15]首次提出的一种荧光核酸探针，又称为发卡探针。分子信标一般由环状区、茎杆区、荧光基团和猝灭基团三部分构成。环状区是一个长度为15-30碱基的环状寡聚核苷酸序列，可以特异性与目标分子结合，茎通常是长度为5-8碱基的互补序列，荧光基团与猝灭基团分别连在信标分子的5’端和3’端。自由状态时，茎杆区互补序列特异性结合形成发夹状结构，猝灭分子吸收荧光分子发出的荧光并以热能散发，荧光几乎完全被猝灭，检测不到荧光信号。当有靶序列存在时，分子信标的环序列可与序列完全互补的靶标分子形成比茎环结构更稳定的双链杂交体，茎杆互补区被拉开，荧光分子与猝灭分子因距