微生物产品手册1610月版.pdfVIP

PartⅥ微生物研究--产品手册 一、 细菌基因组完成图 1. 产品目的和意义 完成细菌基因组测序及后续的信息分析。细菌基因组研究不仅有利于研究细菌的基本生命 过程, 同时也对高等真核生物的基因组学及后基因组学研究提供了参考。 2. 项目流程 2.1 文库构 及测序策略 产品类型 文库构 测序平台 测序深度 完成图 20K PacbioRSⅡ ≥100X 2.2信息分析内容 数据质控 基因组组装 基因组组分分析 基因功能注释 比较基因组分析 编码基因预测 通用数据库注释： 基因家族分类 重复序列注释 GO,KEGG,COG, 特有和共有基因检测 非编码RNA预测 Swiss-prot,Nr, 特有基因功能分析 基因岛预测 TrEMBL,pfam数据 快速进化基因检测 前噬菌体预测 库注释； 快速进化基因功能分析 CRISPR预测 信号肽预测、跨膜 物种间进化关系分析 假基因分析 螺旋蛋白预测、转运蛋 共线性分析 基因表观修饰： 白、分泌蛋白分析； 水平基因转移分析 6mA、4mC 甲基化 专用数据库注释： 修饰位点信息； CAZyme,ARDB,PHI, 特异性motif分析。 VFDB 2.3信息分析内容 产品类型 信息分析内容 1、数据质控 2、基因组初步组装 3、基因组情况评估 4、基因组组分分析 编码基因预测；重复序列注释；非编码RNA预测；细菌基因岛预测； 前噬菌体预测；CRISPR序列预测；假基因分析 5、基因组圈图 标准信息分析 6、基因功能注释 通用数据库注释：GO,KEGG,COG,Swiss-prot,Nr,pfam； 信号肽预测、跨膜螺旋蛋白预测、转运蛋白、分泌蛋白分析； 各专用数据库注释：CAZyme，ARDB，PHI，VFDB； 7、基因组表观修饰 6mA、4mC 甲基化修饰位点信息； 特异性motif分析。 比较基因组分析 高级信息分析 基因家族分类；特有和共有基因检测；特有基因功能分析；快速进化 基因检测；快速进化基因功能分析；共线性分析；物种间进化关系分析； 水平基因转移 3. 样品要求及送样建议 DNA样品浓度≥20ng/µL，总量≥15µg， 具体见下述附件一《微生物基因组送样要求》 4. 合同承诺指标 产品类型 测序平台 测序深度