2个鲤鱼群体遗传多样性RAPD分析.docVIP

2个鲤鱼群体遗传多样性的RAPD分析 　　摘要：从50条随机引物中筛选出10条有效引物，采用RAPD技术对蒙自响水河和草坝的2个鲤鱼群体进行遗传多样性分析。结果表明：在2个群体中分别检测到47、53个位点，多态位点分别为44、51个，平均多态位点比例分别为93.61%和96.23%；利用Popgene version1.32软件分析获得2个鲤鱼群体Shannon信息指数（I）分别为0.479 9和0.455 7，Neis基因多样性指数（H）分别为0.328 7和0.298 4，等位基因观察数（Na）分别为1.821 4和1.910 7，有效等位基因数（Ne）分别为1.584 3和1.487 9，群体间的遗传相似性系数为0.958 1，遗传距离为0.041 9。2个鲤鱼群体间的遗传分化系数Gst为0.082 4，表明群体间的遗传变异占总的遗传变异的8.24%，群体内的遗传变异占总变异的91.76%。 　　关键词：鲤鱼；RAPD；遗传多样性 　　中图分类号： S917.4文献标志码： A文章编号：1002-1302（2015）01-0047-03 　　收稿日期：2014-03-12 　　基金项目：国家自然科学基金（编号；云南省教育厅科学研究基金重大专项（编号：ZD2013009）；红河学院中青年学术带头人后备人才项目（编号：2014HB0203）；红河学院博士专项（编号：14BS11）。 　　作者简介：杜民（1974―），男，湖北枣阳人，博士，副教授，主要从事水生生物技术与资源研究。Tel：（0873）3799787；E-mail：du2005min@126.com。 　　通信作者：刘艳红，博士，教授，主要从事水域资源与环境管理政策研究。Tel：（0873）3698575；E-mail：kidliu1968@126.com。自从随机扩增多态性DNA技术（Random Amplified Polymorphic DNA，RAPD）于1990年由美国科学家Williams等和Welsh等分别建立起来[1-2]以后，已在遗传多样性的检测、物种分类和演化、品种鉴定、种群的亲缘关系、构建鱼类遗传连锁图谱、鱼类育种和杂种优势等研究方面得到应用并且效果良好。陈国生应用RAPD技术分析了闽江中上游黑脊倒刺?和黄颡鱼遗传多样性[3]。赵凯利用RAPD技术对4种鲤科鱼类的基因组DNA进行了分析，结果表明鲤亚科2种鱼种间相似性明显高于青海湖裸鲤和草鱼种间的相似性，然而另外2个鲤亚科3种鱼与裂腹鱼亚科的青海湖裸鲤之间的差异显著高于鲤亚科鲤与雅罗鱼亚科草鱼、鲫鱼之间的差异[4]。 　　鲤鱼（Cyprinus carpio）属硬骨鱼纲（Osteichthyesu）辐鳍亚纲（Actinopterygii）鲤形总目（Cyprinomopha）鲤科（Cyprinidae），是一种最常见的淡水鱼，在各个淡水水域均有分布，也是我国淡水养殖的主要经济鱼之一。天然水域的污染和过度捕捞利用等原因造成鲤鱼栖息环境严重破坏，因此了解并保护鲤鱼种质资源显得极为迫切。本研究利用RAPD方法对云南省蒙自市响水河和草坝水体的2个鲤鱼群体进行分子遗传分析，探讨其遗传多样性，为鲤鱼资源的科学管理和合理开发提供理论依据。 　　1材料与方法 　　1.1材料 　　供试鱼来自于云南省蒙自市草坝水体和响水河水库，每个水体各采集6尾。取活鱼的尾鳍分别装入1.5 mL离心管中，加入无水乙醇并于4 ℃保存备用。 　　1.2方法 　　1.2.1试剂、仪器及基因组DNA提取Taq酶、dNTP、Marker 及10×Buffer（博迈德生物科技公司）；Tris酚（北京鼎国昌盛生物技术有限公司）；PCR仪：EDC-810（东胜创新生物科技有限公司）；紫外透射仪：DYY-11（北京六一仪器厂）；高速离心机：HC-2062（安徽中科中佳科学仪器有限公司）。参照杜民等的方法[5]提取鲤鱼基因组总DNA并放于 -4 ℃ 冰箱。取5 μL DNA样品和适量溴酚蓝充分混匀后，利用1%浓度的琼脂糖凝胶电泳后在凝胶成像系统进行检测，观察到鲤鱼基因组DNA条带比较清晰，符合RAPD实验要求（图1）。 　　1.2.2引物筛选及RAPD检测参照郭勇等三叶崖爬藤RAPD引物筛选[6]。以12尾鲤鱼的混合DNA为模板，从50条长度分别为10 bp的随机引物中（部分引物筛选的结果如图2所示），筛选出能扩增出清晰、条带数量适中的10条引物用于扩增（表1）。RAPD扩增反应程序： 94 ℃ 预变性2 min；然后35个循环（94℃变性30s，36℃退火 30s，72℃延伸 　　表110条随机引物的序列 　　引物 序列引物序列SBSA10GTGATCGCAGSBSC01TTCGAGCCAGSB