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量子化学的主要计算方法及软件知识讲稿.ppt
量子化学计算;软件分类;本研究室目前常用的量化软件:
Gaussian 98/03: 由Pople等人编写,经过几十年的发展和完善,
该软件已成为国际上公认的、计算结果具有较高
可靠性的量子化学软件,它包含从头算、半经验
以及分子力学等多种方法,可适用于不同尺度的
有限体系,除了部分稀土和放射性元素外,它可
处理周期表中其它元素形成的各种化合物;
Crystal 98/03: 该软件由意大利都灵大学理论化学研究所开发,
采用基于原子轨道线性组合的从头算方法来研究
固体及表面的电子结构;
VASP: 该软件由奥地利维也纳大学开发,采用基于平面波
基组的密度泛函理论来研究固体及表面的构型以及
动力学过程;
CASTEP: MS软件模块之一,与VASP程序类似;
Dmol: MS软件模块之一,主要用于有限尺度体系电子结
构研究;;采用理论方法要解决的问题; 计算模型和方法的选取是保证计算结果可靠性的关键,
理想的情况是:1.所选取的计算模型与实际情形一致;2.采用
高级别的计算方法。但是,由于受到计算软硬件的限制,在多数
情况下,很难同时做到上述两点要求,实际操作中,当计算模
型较大时,只能选择精确度较低的计算方法,只有对较小的模
型才能选取高级的计算方法。
因此,当确定了一种计算模型和方法后,最好对其进行验证,
以保证计算结果的可靠性。假设当前的研究对象是化合物A,
可通过下列途径进行验证:
1. 与A化合物现有实验结果之间的比较;
2. 若无实验方面的报道,可对与A类似的化合物B进行研究,此
时以B的实验结果作为参照;
3. 当上述方法行不通时,可以采用较大模型和较为高级的计算
方法得到的计算结果作为参照,该方法主要用于系列化合物
的研究:如对A1, A2, A3,先用大模型和基组对A1进行研究,
然后以该结果为参照,确定计算量适中的模型和方法并应用
于A1,A2,A3。;Gaussian03程序的使用;G03程序的安装和运行;c.设置环境变量,以c shell为例,在用户根目录下的.cshrc文件
添加下列内容:(也可在执行g03前逐条运行)
setenv g03root /home/$USER(设置g03所在目录,根据实际情况修改)
source $g03root/g03/bsd/g03.login(激活g03运行时所需环境变量)
setenv GAUSS_SCRDIR /home/$USER/g03_tmp(设置临时目录)
d.运行bsd/install,自动配置并行计算环境
注:对Linux平台,运行g03时,需注意权限问题,可用chmod
命令更改权限,将所安装的g03对所有用户开放。;2.G03程序的运行:
(1).对Windows平台:
a.对于刚安装好的g03,先检查环境设置情况:
;左侧至上而下依次为:默认的文本编辑器;g03可执行文件所在目录;
计算中间结果存放目录;缺省的计算结果存储目录;缺省的输入文件
所在目录;PDB分子构型浏览器;
右侧至上而下依次为:设置显示属性(如背景色等);设置文本编辑器
属性;计算过程控制属性(尤其是批作业过程);Default.Rou文件的编
辑(该文件内容为默认情况下,计算所花费的内存及硬盘大小);b.编写或打开g03输入文件;c.g03运行过程的控制:;;说明:
网关作用类似于防火墙,用于保证内部网的安全和稳定,
作为网关的计算机通常配有2个网卡,分别用于外部网和
内部网的连接。
本实验室网关机子IP地址:
03(非固定IP,可能发生改变)
计算作业提交过程:
a. 用户登录网关-通过SSH远程登录软件实现
SSH软件(SSHSecureShellClient-3.2.9.exe)可从网络上免费
下载,安装过程与通常软件安装类似。安装完毕后,设置
网关外部网的IP地址以及账号名即可使用。;点击Profiles设置IP地址及用户名;b. 从网关登录到计算节点-采用telnet命令实
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