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山西大豆自然群体遗传多样性研究 　　摘 要：为探明由山西不同生态型大豆品种组成的自然群体的遗传多样性，为优异种质资源的筛选和应用提供理论依据，以102个大豆品种组成的自然群体为研究材料，采用59对SSR引物对该群体进行遗传多样性分析。结果表明：59对引物最终筛选出50对多态性好的引物，共检测出157个等位变异，不同位点的等位变异数为2～7个，平均等位变异数为3.14个，其中等位变异数最多的为Satt263，有7个。香农指数变幅为0.097 3～1.668 4，香农指数平均值为0.844 9， 多态性信息量的变幅为0.038～0.761，平均每个引物的多态性信息量为0.431。标记将102个大豆材料在遗传距离GD=0.805处聚为3个群组，群组1有52个材料，群组2由48个材料组成，群组3仅有2个材料。 　　关键词：大豆；自然群体；分子标记；遗传多样性 　　中图分类号：S565.1 文献标识码：A DOI 编码：10.3969/j.issn.1006-6500.2015.05.001 　　大豆[Glycine max（L.） Merrill]作为一种重要的豆科粮食作物，不仅可以提供优质的蛋白质、油脂和微量营养元素，也在生物燃料的生产中备受关注[1]。大豆的抗性、产量、品质等主要性状大多属于数量性状[2]，受环境影响较大，在育种实践中不易直观把握。近年来，随着分子生物学技术的高速发展，分子标记手段已被越来越多地应用于对不同作物数量性状的研究中[3]。利用分子标记可对作物群体从基因型角度进行研究、分类[4]，降低表型和性状研究带来的局限性[5]，因此已广泛应用于水稻、玉米、大麦等作物[6-8]，在大豆上的应用也日益增加，如Ghosh等[9]选用来自印度不同农业环境地区的32个大豆品种，以SSR分子标记评价其遗传关系，根据遗传多态性和亲缘关系将32个品种分为6类。 　　本研究以102个在山西选育、种植的不同生态型大豆品种组成的自然群体为研究材料，采用59对SSR引物，筛选多态性良好的标记，用Popgene32软件检测等位基因变异数、香农指数以及遗传距离，对群体进行遗传多样性分析，旨在明确群体遗传丰富程度和多样性，为利用分子标记辅助选择育种、改良大豆数量性状提供理论支持和优良种质资源。 　　1 材料和方法 　　1.1 群体来源及组成 　　选用由山西农业大学大豆育种室选育、提供的102个不同生态型大豆品种为材料。各材料间均无直接亲缘关系，因此为自然群体，于2014年5月11日在山西农业大学播种，10月收获。 　　1.2 引物来源 　　从20个大豆连锁群上，每个连锁群选4对SSR标记引物，共80对SSR标记，这些标记参见于Song等发表的大豆遗传图谱，试验引物序列来自Soybase网站（http：///resources/ssr.php），Biomed公司（北京）配制试验所用引物。 　　1.3 试验方法 　　1.3.1 DNA提取 根据Saghai Maroof[10] 方法用SDS法提取大豆基因组DNA。选取健康、饱满、一致的大豆种子，用1‰高锰酸钾消毒5 min后，晾干，放入9 cm×9 cm培养皿中，置于恒温培养箱中25 ℃条件下催芽，之后转入装有沙土的营养钵中，置于恒温光照培养箱中，25 ℃恒温培养，待豆苗三片真叶展开时进行DNA提取。 　　1.3.2 DNA浓度测定和质量检测 　　（1） DNA浓度测定。取30 μLDNA溶液，加1×TE缓冲液至3 mL，使用紫外分光光度计测定230 nm、260 nm和280 nm处DNA的吸光值（A），用260 nm处吸光值计算DNA的浓度，用A260/A230和A260/A280比值计算DNA纯度。 　　（2）模板DNA质量检测。①琼脂糖凝胶配置：取1.6 g琼脂糖，加入pH值为8.0的0.5×TBE缓冲液，并定容至200 mL， 配置成0.8%浓度的琼脂糖凝胶溶液，微波炉加热至沸腾，期间用玻璃棒搅拌2～3次，使其充分溶解，待溶液冷却至50～60 ℃，加入一定量EB，使浓度为0.5 μg?mL-1。②凝胶制备：将配置好的溶液倒入制胶板中，使胶面水平，插好梳子，待充分凝结后，放入平板电泳槽中。倒入0.5×TBE缓冲液，以刚好没住凝胶为宜。③上样和电泳：取5 μLDNA样品，与3 μL上样缓冲液混匀后，点入上样孔中。接通电泳，以120 V恒压电泳40～50 min，电泳结束后，用TY4133型凝胶成像分析系统拍照。 　　根据浓度测定结果将DNA样品分别稀释至SSR工作液浓度：20 ng?μL-1，置于-20 ℃冰箱中冰冻保存备用。 　　1.3.3 PCR扩增体系和扩增程序 　　（1）PCR扩增体系配置（SSR反应体系）。根据表1配置SSR反应体系，混合均匀，