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扁桃品种SSR分析 　　摘要:利用SSR方法对16个扁桃品种#65380;1个榆叶梅品种和1个晚熟毛桃进行了基因组多态性分析，从15对引物中筛选出12对多态性#65380;稳定性较好的引物用于正式试验，12对引物在18个供试品种中共扩增出80条DNA谱带，平均每对引物扩增出5~6条，用W0622106#65380;W0622114#65380;W0622094#65380;W0622116等4对引物可以鉴别18个供试品种中的17个品种，根据SSR分析结果，应用NTSYS软件进行相似性系数计算，利用UPGMA法构建聚类树状图。供试扁桃品种可分为5个类群，与传统的系谱有一定的误差。 　　关键词:扁桃;SSR;聚类分析 　　中图分类号:S662.9;Q503 文献标识码:A 文章编号:0439-8114(2008)08-0865-03 　　 　　扁桃(Amygdalus communis L.)是世界上优良的木本油料树种和四大干果之首，系蔷薇科桃属植物。扁桃资源主要分布在中国#65380;俄罗斯#65380;美国#65380;西班牙#65380;意大利#65380;葡萄牙#65380;法国#65380;土耳其#65380;伊朗等国家，世界上共有53个种(变种)。我国扁桃主要分布在新疆的准葛尔西部山地#65380;阿尔泰山，内蒙古的乌拉山#65380;大青山，宁夏的贺兰山以及青藏高原的东部，共有6个种。而新疆主要分布在喀什地区的英吉莎#65380;莎车等县，约有近百个品种。我国栽培普通扁桃已有 　　1 300多年的历史，由于长期的人为影响，实生品种#65380;品系#65380;优良单株以及野生#65380;半野生资源可达250多个[1，2]，这些资源形态各异，关系复杂，多数品种谱系不清，同名异物或同物异名的现象十分普遍，这就给扁桃的分类#65380;栽培以及品种选育带来很大困难。国外在普通扁桃的杂交育种#65380;同工酶分析#65380;化学分类和分子标记等方面做了较多的工作，但我国对扁桃遗传资源的系统性研究还很少，多数品种还停留在表型鉴定水平[3]。本研究对新疆的扁桃资源及相近属#65380;种进行了SSR分子标记和聚类分析，旨在探讨新疆南疆地区扁桃各个品种以及相关属之间的亲缘关系，以期为我国扁桃资源的遗传连锁图谱的构建#65380;基因分离以及分子杂交育种和分类奠定基础。 　　 　　1材料与方法 　　 　　1.1试验材料 　　试验所用的16个扁桃品种(Amygdalus communis L)均取自新疆莎车县托木吾斯唐乡5村扁桃品种园，榆叶梅和晚熟毛桃在本校实验农场采集，具体见表1，取健康植株一年生枝条上刚展开的嫩叶，置于-70℃待用。SSR引物按T. Joobeur[4]#65380;Yong Xu[5]等报道的序列，由北京三博远志生物技术有限责任公司合成，其他供试药品均由该单位提供。由15对引物筛选出12对多态性#65380;稳定性较好的引物进行正式试验。 　　1.2试验方法 　　1.2.1DNA的提取与分离参照吴树敬等[6]的方法提取基因组DNA，紫外分光光度法和琼脂糖凝胶电泳法检测DNA质量，稀释至所需质量浓度后，置-20℃保存备用。 　　 　　1.2.2PCR扩增SSR反应体系经优化，确定引物最佳退火温度大部分在50~60℃，比Tm/2值要高2~5℃，Taq DNA聚合酶和DNA最适用量分别为1U和100ng，Mg2+#65380;dNTP和引物最适终浓度分别为1.5 mmol#8226;L-1#65380;0.2 mmol#8226;L-1和0.2 μmol#8226;L-1，反应总体积为20 μL。反应程序为94℃预变性4 min，94℃变性45 s，50~60℃变性45 s，72℃延伸1 min，共循环35次，72℃延伸5 min，终止。扩增产物用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，银染检测。 　　1.2.3数据统计电泳图谱的每条带均为一个分子标记，代表一个引物的结合位点。根据条带的有无统计所有的二元数据;有带记作1，无带记为0;根据二元数据计算多态性位点百分数，采用NTSYS统计分析软件[7]对数据进行分析，品种间的相似系数按Jaccard公式计算，以非加权类平均法(UPGMA)进行聚类分析，并建立树状图。 　　 　　2结果与分析 　　 　　2.1引物筛选与SSR多态性 　　从15对SSR引物中筛选出12对多态性较高#65380;稳定性较好#65380;分辨率较高的引物。12对引物在18个供试品种中共扩增出80条DNA谱带(表2)，其中多态性带有56条，占扩增总带数的70%，所扩增的片段大小在100~300bp之间，不同引物扩增的带数在1~11之间，平均5~6条。用W06