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甘蓝GS―Elong位点基因预测与分析 　　摘要：以拟南芥中控制硫苷生物合成相关基因家族GS-Elong的全长CDS及蛋白序列为参考序列，在甘蓝（Brassica oleracea L.）基因组数据库中进行BLASTN和BLASTP检索，得到具备Score≥100、E-value≤10-10。和Coverage I70%条件的甘蓝注释基因作为拟南芥GS-Elong位点基因的候选同源基因，并进一步对其进行同源性和基因结构比较及聚类分析。结果显示，在甘蓝GS-Elong位点发现4个旁系同源基因（Bo1020647、Bo1017070、。甘蓝和拟南芥GS-Elong位点同源基因在核酸水平上的一致性为66.1%～84.3%；甘蓝4个旁系同源基因问的一致性在62.0%～83.7%之间。甘蓝和拟南芥GS-Elong位点基因在外显子数目、大小方面高度一致，但别较拟南芥GS-Elong位点基因少3个和1个外显子。系统进化及共线性分析初步确定，甘蓝中存在2个BoMAM1（和2个BoMAM3（。 　　关键词：十字花科植物；甘蓝；硫代葡萄糖苷；GS-Elong 　　中图分类号：S635：Q781 文献标识号：A 文章编号：1001―4942（2016）03―0005―04 　　甘蓝（BrCLssica oleracea L.）为十字花科芸薹属植物，源于地中海至北海沿岸，是世界上广泛种植培育的一种蔬菜，具有较高的经济和食用价值。随着生活水平的提高，人们对蔬菜作物的营养品质及保健作用要求也逐渐提高。甘蓝类蔬菜作物是人们公认的抗癌蔬菜之一，其抗癌活性主要来源于包括异硫氰酸盐在内的硫代葡萄糖苷。硫代葡萄糖苷（Glucosinolate）简称硫苷，又叫芥子油苷（Mustard oil glucoside），是植物中一种富含硫和氮的次生代谢产物。目前已明确结构的硫苷至少有120种，其中大多数分布于十字花科植物中，它们作为风味物质存在于十字花科蔬菜和调味类作物中而被人类社会认识已久。在近几十年中人们渐渐发现，这种含氮和硫的植物次生代谢物质具有抗癌、生物杀菌和保护植物作用，其重要性越来越受到人们的重视和关注。例如，保健蔬菜西兰花中的抗癌活性物质萝卜硫素（Sulforaphane）就是4-甲基亚磺酰丁基硫苷（Glucoraphanin，GRA）的降解产物。 　　通过对拟南芥中控制脂肪族硫苷侧链长度的GS-Elong QTL位点的克隆，人们发现了三个基因MAM1、MAM2和MAM3。研究发现，MAM1在侧链延伸的前3个循环中具有催化作用，MAM2仅对第1个循环起作用，而MAM3负责前6个循环。基因敲除显示，MAM2只对参与1次侧链延伸的脂肪族硫苷生成具有重要作用，MAMl主要控制参与2次侧链延伸循环的脂肪族硫苷的合成，MAM3则可以生成所有长度的脂肪族硫苷，但特别容易生成发生1次、5次和6次循环的硫苷。在所有的拟南芥基因型中，仅有1个（Sorbo）同时存在MAMl和MAM2，其它的只含有MAMl和MAM2中的1个。MAM位点的多态性导致了硫苷结构的多样性，这可能是为了更好地适应生态环境的挑战。 　　CS-Elong位点负责拟南芥和芸薹属植物中占主导地位的3或4碳脂肪族硫苷的产生，在Streptanthus中，GS-Elong位点也负责5碳硫苷的生成，在其它物种中甚至负责更长碳链硫苷的合成，这可能是由位点的进化引起的。GS-Elong位点基因编码MAM酶家族，该酶家族既直接影响硫苷侧链长度，也通过控制GS-PRO位点进一步影响硫苷侧链不同基团的形成。 　　CS-Elong的功能在拟南芥中研究得比较透彻，但在甘蓝中的研究很少。本研究主要以生物信息学分析为主要技术手段，充分详细地挖掘甘蓝EST数据库，并对甘蓝GS-Elong候选基因进行预测分析和讨论，为甘蓝GS-Elong基因的克隆以及硫苷甘蓝新品种的选育提供理论基础。 　　1材料与方法 　　1.1试验材料 　　拟南芥GS-Elong位点基因（At5g23010、At5g23020和AJ486899）均来源于TAIR（）和NCBI数据库（）；甘蓝基因组及基因注释数据库来源于NCBI（http：∥B）；白菜GS-Elong基因来源于BRAD（http：∥B），并且参考Wang等的研究；系统进化树构建所涉及蛋白序列均来源于UniProt（WWW.）、TAIR（）和BRAD（http：∥B）。 　　1.2试验方法 　　利用拟南芥GS-Elong基因的全长CDS及蛋白序列在NCBI（）中对甘蓝基因组及注释基因数据库进行BLASTN及BLASTP检索