微生物基因分型鉴定系统-ThermoFisherScientific.PDFVIP

      微生物基因分型鉴定系统           背景： 分子生物学技术在近几年的迅速发展和普及，使得微生物学鉴定得以摆脱传统生化鉴 定方法的局限，跨入新的历史进程。较上世纪已经出现的生化鉴定法，基于分子生物学技 术的微生物鉴定系统的优越性主要表现为：可鉴定的种属范围均大大扩展；可靠性和灵敏 度显著提升；整体检测时间降低。ThermoFisher 公司的MicroSEQ® 自动微生物基因分型鉴 定系统分型系统是目前技术最为成熟、应用最为广泛的基因分析鉴定系统，现已广泛应用 在药品、食品及工业微生物的鉴定分析上，以下内容将对这一系统做更为全面的介绍。 2015 版药典中指出，测序是微生物鉴定的最终解释方法   1. 在药品微生物鉴定领域的应用  2008 年度全球排名前 25 位的制药集团中，有 22 家集团已经将 ThermoFisher 公司的 MicmSEQ® 自动微生物基因分析鉴定系统用于其日常微生物检测中。 美国FDA在对生产无菌制剂和生物药品的指导性纲要《工业指南用无菌工艺生产的无菌产 品一现行GMP》中更是明确提出“快速遗传类型测定方法被建议用于鉴别目的，因为这种 方法已经证明比生物化学方法和表型技术更精确和准确。”除美国之外，澳大利亚、日本 及欧盟的药典中也已明确推荐使用基因分析的方法用于微生物的鉴定。 2. 微生物鉴定基本原理:    16S rRNA基因是伯杰氏手册(Bergey’Manual)细菌菌种分类的客观基础，也是DNA测序鉴 定分型的基础。MicroSEQ®微生物鉴定系统是专门为微生物测序分型所设计，结合最新的 DNA测序技术、强大的分析软件，通过对细菌共有的16S rRNA基因进行自动化测序得到细 菌鉴定结果；而对于真菌鉴定则通过对真菌26S rRNA基因上的D2基因片段进行测序。 3. 检测平台：          Applied Biosystems™基因分析仪以可靠性和值得信赖的结果为立足点。作为 Applied  Biosystems™毛细管电泳(CE)基因分析仪产品系列的最新成员，SeqStudio 基因分析仪同样基 于这一理念，但同时又追求易用、易维护，易于存取和便于分享数据。其先进特性在于将 Sanger 测序和片段分析的可靠性，与远程监控 和云应用便利性结合在一起。          多功能卡夹在最大程度上提升了平台的高效和便利。SeqStudio 基因分析仪采用一种含 有毛细管阵列、POP 胶以及阳极缓冲液的多功能卡夹。该卡夹可插拔，并可在仪器上存放 达四个月之久。每个卡夹上均含有 SeqStudio 系统所独有的新型聚合物，无需重新配置即 可进 行 Sanger 测序和片段分析。配备 4 道毛细管可以处理来自 标准 96 孔板或 8 联管的 样品。卡夹和阴极缓冲液容器均带有射频识别(RFID)标签，可跟踪二者各自在仪器上加样 (卡夹)和存放的时长(阴极缓冲液)。这一特性使科研人员可以利用同一台仪器，根据需要管 理并使用自己的卡夹，进一步提高灵活性。最后，SeqStudio 基因分析仪的维护工作也得 到简化。仪器校准工作通过成像和算法工具的先进功能 自动化完成。           SeqStudio 仪器采用紧凑的外观设计，同时配有机载计算机和一体触摸屏，可以快 速、直观、灵活的进行运行设置。运行软件经过专门配置，可在运行不中断的情况下， 在 同一块板上设置测序和片段分析反应并在仪器上运行。例如，在同一次 CE 运行中，可将 基于测序的位点突变筛选检测与基于片段分析的 CNV 检测结合在一起。同时仪器具备无线   连接功能。可以通过联机触摸屏，远程计算机和移动设备 APP 操作仪器。只要能上网，就 能随时随地地访问运行设置、 反应板图、运行条件和分析设置。加样条件、重新加样和  重新调整加样次序可在运行期间调整，从而最大限度提高从每块板采集优质数据的能力。 采集数据后，基于网页浏览器的应用程序组合包(Sanger Quality Check、Sanger Variant  Analysis 和 Next‐Gene