基因表达模式geneexpressionpattern.PPT

Gene Mutation, Polymorphism, Gene mapping and identification（From Genotype to Phenotype） 张咸宁 zhangxianning@ Tel Office: C303, Teaching Building 2014/09 Mutation Nomenclature Examples c.1444ga: a mutation at position 1444 in the hexosaminidase A cDNA causing Tay-Sachs disease g.IVS33+2TA: a mutation substituting an A for T in a splice donor site GT of intron 33 of a gene g.IVS33-2AT: a mutation substituting a T for an A in the highly conserved AG splice acceptor site in the same intron c.1524_1527delCGTA: a deletion of four nucleotides, numbers 1524 through 1527 in cDNA c.1277_1278insTATC: a four-base insertion between nucleotides 1277 and 1278 in the hexosaminidase A cDNA, a common mutation causing Tay-Sachs disease p.Glu6Val: a missense mutation, glutamic acid to valine at residue 6 in β-globin, that causes sickle cell disease p.Gln39X: a nonsense mutation, glutamine to stop codon (X) at position 39 in β-globin, that causes β0-thalassemia 表观遗传学的特点 可遗传。即通过有丝分裂或减数分裂，能在细胞或个体世代间遗传； 可逆性（reversible）的基因表达调节。（基因活性或功能的改变）； 没有DNA序列的改变或不能用DNA序列变化来解释。 表观遗传现象/修饰 DNA 甲基化（DNA methylation） 组蛋白修饰（histone modification） 染色质重塑（chromatin remodeling） 基因组印记（genomic imprinting） X染色体失活（X chromosome inactivation） RNA相关沉默（RNA interference等） 副突变（paramutation） 位置效应斑（position effect variegation） 组蛋白密码（histone code） RNA 编辑（RNA editing） …… DNA甲基化 DNA甲基化(DNA methylation)是研究得最清楚、也是最重要的表观遗传修饰形式，主要是基因组DNA上的胞嘧啶第5位碳原子和甲基间的共价结合，胞嘧啶（C）由此被修饰为5甲基胞嘧啶(5-methylcytosine，5mC)。 DNA甲基化 哺乳类基因组中5mC占胞嘧啶总量的2%~7%，约70%的5mC存在于CpG二核苷酸。 在结构基因的5’端调控区域, CpG二核苷酸常常以成簇串联形式排列，这种富含CpG的区域称为CpG岛(CpG islands)，其大小为500~1000 bp，约56%的编码基因含CpG岛。 基因调控元件(如启动子)所含CpG岛中的5mC会阻碍转录因子复合体与DNA的结合。 DNA甲基化一般与基因沉默相关联； 非甲基化一般与基因的活化相关联； 去甲基化往往与一个沉默基因的重新激活相关联。 组蛋白修饰的类型 乙酰化：一般与活化的染色质构型相关联，乙酰化修饰大多发生在H3、H4的 Lys 残基上。 甲基化：发生在H3、H4的 Lys 和 Arg残基上，可以与基因抑制有关，也可以与基因的激活相关，这往往取决于被修饰的位置和程度。 磷酸化：发生与 Ser 残基，一般与基因活化相关。 泛素化：一般是C端Lys修饰，启动基因表达。 SUMO（一种类泛素蛋白）化：可稳定异染色质。 其他修饰（如ADP的核糖基化） 组蛋白修饰 组蛋白中被修饰氨基酸的种类、位置和修饰类型称为组蛋白密码（histo