发育时期蛋白质组分析中应用.PDFVIP

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2018-10-13 发布于湖北
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发育时期蛋白质组分析中应用.PDF

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微生物学通报 JUN 20, 2012, 39(6): 853−864 Microbiology China © 2012 by Institute of Microbiology, CAS tongbao@ 生物实验室 iTRAQ 结合 2D LC-MS/MS 技术在草菇不同生长发育时期蛋白质组分析中的应用 1,2 1 1* 1 1 1 刘靖宇江玉姬谢宝贵陈炳智廖伟邓优锦 (1. 福建农林大学菌物研究中心福建福州 350002) (2. 山西农业大学食品科学与工程技术学院山西太谷 030801) 摘要: 【目的】旨在采用iTRAQ 标记结合二维液相色谱串联质谱技术对草菇不同生长发育阶段的差异蛋白质组进行研究。【方法】首先将提取的草菇不同生长阶段蛋白样品进行 SDS分析, 其次将经二维液相色谱串联质谱技术获取的串联质谱数据通过 MASCOT 软件搜库, 之后对鉴定蛋白质数据进行了主成分分析(Principal component analysis, PCA) 、层次聚类(Hierarchy clustering)分析、K- 均值(K-means) 聚类和 Gene Ontology (GO)注释分析。【结果】试验结果显示, 共计获得 2 335 个不同肽段, 鉴定到 1 039 个蛋白质, 其中 1 030 个蛋白质具有定量信息。在子实体阶段中显著上调蛋白质 64 个, 下调蛋白质 150 个。生物信息学分析表明, iTRAQ 标记技术结合二维液相色谱串联质谱可对不同生长发育时期的草菇蛋白样品进行有效地分离和鉴定。【结论】这一研究结果为深入研究草菇乃至其他大型担子菌子实体形成和发育的分子机制提供借鉴。关键词: 草菇, 蛋白质组, iTRAQ, 二维液相色谱串联质谱基金项目：国家现代农业产业技术体系建设专项资金资助(No. CARS 24) *通讯作者： : mrcfafu@163.com 收稿日期：2012-02-26; 接受日期：2012-05-02 854 微生物学通报 2012, Vol.39, No.6 Comparative analysis of proteomic profile at different development stages of Volvariella volvacea by iTRAQ-coupled 2D LC-MSMS LIU Jing-Yu1, 2 JIANG Yu-Ji1 XIE Bao-Gui1* CHEN Bing-Zhi1 LIAO Wei1 DENG You-Jin1 (1. Mycological Research Center , Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, Fujian 350002, China) (2. Institute of Food Science and Engineer , Shanxi Agricultural University, Taigu, Shanxi 030801, Chi