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miRNA命名及注释的研究进展 　　摘要：miRNA是目前生物学研究的热点领域之一，随着越来越多的miRNA被发现，miRNA的命名及注释鉴定标准经历了一系列变化。对miRNA的命名及注释鉴定标准进行了总结，以期为后续的miRNA命名及注释鉴定提供借鉴。 　　关键词：miRNA；命名；注释 　　中图分类号：Q-33 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2016）19-4897-04 　　DOI：10.14088/ki.issn0439-8114.2016.19.001 　　Abstract： miRNA is one of the hot spot in biological research. With the discovery of more and more miRNA， the identification criteria for naming and annotation of miRNA have undergone a series of changes. The development of identification criteria for naming and annotation of miRNA were summarized， in order to provide references for the subsequent miRNA research. 　　Key words： miRNA； naming； annotation 　　miRNA是动物、植物、微生物甚至包括病毒在内的生物普遍存在的一类单链非编码小RNA分子，其序列长度约22 nt，并在物种间有一定的保守性。1993年Victor Ambros实验室首先在秀丽线虫中发现非编码小RNA lin-4通过反义RNA-RNA互作形式与3′UTR结合负调控LIN-14蛋白的表达[1]；2000年Gary Ruvkun实验室发现第二个非编码RNA let-7通过3′UTR负调控LIN-41蛋白的表达[2]，同时发现let-7序列在不同物种间有一定的保守性[3]；此后，人们意识到非编码小RNA可能在物种中广泛存在，从而在2001年《Science》杂志上同时有3篇文献报道物种中存在大量非编码RNA，并将其统称为microRNA或miRNA[4-6]。 　　此后，miRNA的研究迅速吸引了大批科学家，成为目前生物学研究热点领域之一。miRNA的序列及注释信息均贮存在miRBase（）数据库中，该数据库将不同物种归为5大门类：Chromalveolata（囊泡藻界）、Metazoa（动物界）、Mycetozoa（黏菌门）、Viridiplantae（植物界）、Viruses（病毒界）。miRBase数据库已更新至21版，共28 645条记录[7]。 　　本文对miRNA的命名及注释鉴定标准进行了总结，以期为后续miRNA研究提供借鉴。 　　1 miRNA简介 　　miRNA在生物体内由miRNA基因编码，miRNA基因分布于各染色体上，可位于基因间、内含子或外显子上，且多个miRNA基因常成簇存在。在动物细胞核内miRNA基因被II型RNA聚合酶转录为miRNA初级转录本（pri-miRNA）[8]，再经过Drosha/DGCR8复合体加工成为前体miRNA（pre-miRNA）[9-11]；pre-miRNA被转运蛋白（例如EXP5）从细胞核输出至细胞质[12]；在细胞质中，pre-miRNA被Dicer酶进一步加工为成熟的miRNA（Mature miRNA）[13]；成熟的miRNA与Ago蛋白等相关蛋白组成miRISC沉默复合体，抑制靶基因mRNA翻译或者直接降解mRNA，从而调控靶基因的表达[14]。 　　miRNA生成与作用过程在植物细胞与在动物细胞中会稍有差异，植物miRNA基因也被II型RNA聚合酶转录为pri-miRNA；植物miRNA加工为成熟的miRNA过程均在细胞核内完成，并且没有Drosha/DGCR8的同源蛋白，植物pri-miRNA及pre-miRNA序列长度的变异比动物更大；成熟的miRNA或者pre-miRNA被转运蛋白输出至细胞质；在细胞质中，miRNA与Ago家族蛋白（主要是Ago1）结合成为miRISC沉默复合体，并主要以降解靶基因mRNA的方式调控靶基因的表达[15]。 　　2 miRNA命名 　　2.1 命名规则统一前的miRNA命名情况 　　最先发现的几个miRNA基因根据其表型分别被作者命名为lin-4、let-7、lsy-6。2001年，Thomas Tuschl、Gary Ruvkun、Victor Ambros 3个实验室同时发现大量的非编码小RNA