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人参属药用植物转录组的研究进展
人参属药用植物转录组的研究进展
[摘要] 五加科人参属中含有多种药用植物,其中最著名的是人参,西洋参和三七。随着高通量测序技术的发展,使得转录组测序成为挖掘功能基因、筛选分子标记、阐明代谢途径的有力工具。人参等植物的转录组测序为其功能基因组学等方面的研究提供了丰富的基因信息。该文综述了近年来人参、西洋参、三七转录组的研究进展,重点介绍了人参皂苷合成途径的代谢调控及候选基因的挖掘,以期为这3种药用植物的功能基因组学研究提供借鉴。
[关键词] 人参; 西洋参; 三七; 转录组
Advance in transcriptomic studies of ginseng species
ZOU Liqiu, KUANG Xuejun, LI Ying, SUN Chao*
(Institute of Medicinal Plant Development, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking
Union Medical College, Beijing 100193, China)
[Abstract] There are many valuable medicinal plants in Ginseng genus belonging to Araliaceae. Among them, Panax ginseng, P. quinquefolium and P. notoginseng are the most famous species. With the development of nextgeneration sequencing (NGS) technologies, sequencing and analysis of transcriptomes have become powerful tools for discovery of novel genes, screening molecular markers and elucidation of specific biosynthetic pathway of secondary metabolites. Their transcriptomes provided abundant genes for further study on functional genomics. Here this paper summarized the recent advances in the transcriptomic studies of these three medicinal plants, including discovery of novel genes and elucidation of metabolic regulation, which will contribute to functional genomics in ginseng species.
[Key words] Panax ginseng; Panax quinquefolium; Panax notoginseng; transcriptome
doi:10.4268/cjcm
五加科人参属含有多种药用植物,其中人参、西洋参、三七因其独特的药用价值研究得最为深入。三萜皂苷是这3种药用植物的主要活性成分,到目前为止,已有超过150种人参皂苷从人参属中得到分离[12]。根据苷元结构的不同,可以将人参皂苷分为达玛烷型皂苷和齐墩果烷型皂苷两大类,其中达玛烷型皂苷又可以分为原人参二醇型皂苷和原人参三醇型皂苷[3]。人参皂苷的骨架主要由异戊二烯途径合成,在植物中有2条异戊二烯途径,一条是存在于胞液中的甲羟戊酸(MVA)途径,另一条是存在于质体中的磷酸甲基赤藓糖醇途径(DXP/MEP)。人参皂苷的合成途径可以分为3个阶段:首先乙酰辅酶A转化为IPP和DMAPP,然后IPP和DMAPP在烯丙基转移酶和萜类合酶的作用下形成2,3氧化鲨烯,2,3氧化鲨烯是植物甾醇和三萜皂苷的分支点,最后2,3氧化鲨烯在达玛烷合酶(DS)、P450和糖基转移酶(GT)的作用下生成达玛烷型和齐墩果烷型皂苷[4]。由于植物甾醇的重要性使得参与乙酰辅酶A到2,3氧化鲨烯生物合成的酶都已得到鉴定,而现阶段主要集中于下游途径P450及GT的挖掘及鉴定。
人参为四倍体 (2n=4x=48),据报道其基因组大于3.2 Gb[56],对于这种基因组较大、杂合度高、存在多倍体的非模式植物而言,要完成全基因组测序是比较困难的。而转录组测序则是一种快速、经济、高效获取基因信息的方式。转录组概念是由
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