【精编】生物信息学经典教程.ppt

双击安装到C盘 产生三个文件夹 bin data doc 将数据库文件(db)及目标序列文件(in)保存在Blast/bin文件夹下 bin含可执行程序(将数据库及需要比对操作的数据放入该文件)； data文件夹含打分矩阵及演示例子的序列数据信息； doc文件夹含关于各子程序的说明文档。 * 123 本地数据库的构建 查看db文件 由fasta格式的序列组成 * 123 数据库的格式化 formatdb命令用于数据库的格式化： formatdb [option1] [option2] [option3]… formatdb常用参数 -i database_name 需要格式化的数据库名称 -p T\F 待格式化数据库的序列类型 （核苷酸选F；蛋白质选T；默认值为T) 例：formatdb -i db -p T 对蛋白质数据库“db”进行格式化 * 123 程序运行 blastall命令用于运行五个blast子程序: blastall [option1] [option2] [option3] *可在dos下输入blastall查看各个参数的意义及使用 blastall常用参数 四个必需参数 -p program_name,程序名，根据数据库及搜索文件序列性质进行选择； -d database_name,数据库名称,比对完成格式化的数据库； -i input_file,搜索文件名称； -o output_file,BLAST结果文件名称； 两个常用参数 -e expectation，期待值,默认值为10.0，可采用科学计数法来表示，如2e-5； -m alignment view options:比对显示选项，其具体的说明可以用以下的比对实例说明 例：blastall -p blastx -d db -i in -o out -e 2e-5 -m 9 (表格显示比对结果) 采用blastx程序，将in中的序列到数据库bd中进行比对，结果以表格形式输入到out文件 * 123 上机实习2:本地运行blastx 进入DOS命令行提示符状态（“运行”?cmd） 进入C盘“cd\” 进入包含序列数据的bin目录下“cd Blast\bin” 察看目录下内容“dir” 格式化数据库db“formatdb -i db -p T” 运行blastx “blastall -p blastx -i in -d db -o out -e 2e-5 -m 9 ” 察看结果“more out ”或在 windows下双击打开 输入 数据库类型：F/T Blast程序 序列输入 数据库 结果输出 * 123 * 123 输入“cd\”-〉回车 回到安装目录C盘 输入“cd blast\bin”-〉回车 到达blast程序下bin文件夹 * 123 输入“dir”-〉回车 察看bin文件夹下内容 bin文件夹下包含以.exe为后缀的程序文件以及这次实习需要用到的数据可文件“bd”和目标序列文件“in” * 123 输入“more db”-〉回车察看db文件内容 空格键翻页 输入“q”跳出 * 123 输入“formatdb –i db –p T”-〉回车 对db数据库进行格式化 * 123 输入“dir”-〉回车 察看bin文件夹下内容 格式化以后产生的文件 * 123 输入“blastall -p blastx -i in -d db -o out -e 2e-5 -m 9” -〉回车 运行blastx程序 * 123 产生的结果文件“out” * 123 用”more out” 察看结果文件 * 123 不使用–m参数时 比对结果显示序列两两比对 * 123 用”more out” 察看结果文件 * 123 多序列比对的目的 从物种的一些分子特性出发，从而了解物种之间的生物系统发生的关系。 通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生物系统发生的内在规律。 * 123 多序列比对的应用： 系统发育分析(phylogenetic analysis) 结构预测(structure prediction) 序列基序鉴定(sequence motif identification) 功能预测(function prediction) ClustalW/ClustalX：一种全局的多序列比对程序，可以用来绘制亲缘树，分析进化关系。 MEGA4 * 123 ClustalW/X的运行 本地运行 命令行操作的Clustal W（linux windows) 窗口化操作的ClustalX（windows） 下载页面：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/ 欧洲生