仿刺参(Apostichopus japonicus)高密度SNP遗传连锁图谱的构建及应用-水产养殖专业论文.docxVIP

独 创 声 明 本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的 研究成果。据我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含 其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含未获得 （注 ：如 没有 其 他需 要 特别 声明 的， 本栏 可空 ） 或其他教育机构的学位或证书使用过的材料。与我一 同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢 意。 学位论文作者签名： 签字日期： 年 月 日 学位论文版权使用授权书 本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，并同意以 下事项： 1、学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘，允许 论文被查阅和借阅。 2、学校可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以 采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同时授权清华大学“中 国学术期刊(光盘版)电子杂志社”用于出版和编入 CNKI《中国知识资源总库》， 授权中国科学技术信息研究所将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据 库》。（保密的学位论文在解密后适用本授权书） 学位论文作者签名： 导师签字： 签字日期： 年 月 日 签字日期： 年 月 日 仿刺参(Apostichopus japonicus) 高密度 SNP 遗传连锁图谱的构建及应用 摘 要 仿刺参(Apostichopus japonicus)作为一种重要的水产养殖物种，具有很高的 食用和药用价值，已成为水产养殖业的支柱产业之一。同时水产养殖业的健康 和可持续发展需要优良的种质资源，可靠的分子标记辅助选择（Marker-assisted selection，MAS）可以为其提供技术支撑，加速育种进程。本研究采用 2b-RAD 技术构建了首张仿刺参高密度 SNP 遗传连锁图谱，为开展精细 QTL 定位及分 子标记辅助育种奠定了坚实的基础。 1、 仿刺参测序文库的构建及质量控制 本研究应用 2b-RAD 技术，以仿刺参两亲本及 100 个 F1 子代作为作图群 体，提取肌肉组织 DNA，经过 BSAXⅠ酶切获得 33bp 的 DNA 片段，连接特异 性接头，灵活控制亲本与子代标签数目，两轮 PCR 扩增引入特定 Barcode，纯 化完成 102 个测序文库构建。克隆预测序及 Hiseq2000 平台上机前预测序检测 文库质量，合格后正式进入高通量测序阶段。 2、 仿刺参高密度 SNP 遗传连锁图谱的构建及 QTL 分析 对测序得到的原始数据，首先进行小片段去除和质量筛查，随后利用本实 验室自主研发的 RADtyping 分型策略筛选可靠标记，共获得母本、父本和子代 平均高质量序列比例达到 98%、85%和 91%，分型后共得到符合孟德尔分离比 (P≥0.5)的共显性和显性标记分别为 3915 个和 9455 个。在共显性标记中父本特 有标记（ ll×lm ） 1573 个，母本特有标记（ np×nn ） 1782 个，共享标记 （hk×hk）560 个。 为成功构建仿刺参 SNP 高密度遗传连锁图谱，本研究中采用双假拟测交作 图策略，在分型得到的 3915 个共显性标记作图的基础上，通过提高显性标记的 测序深度筛选最为可靠的显性标记添加到图谱中去。我们首先分别构建了仿刺 参雌性遗传连锁图谱和雄性遗传连锁图谱。其中雌性遗传连锁图谱包含 22 条连 锁群，共 3156 个标记，总长为 3705.34cM，标记间平均间隔为 1.20cM；雄性 遗传连锁图谱包含 22 条连锁群，共 2442 个标记，总长为 1529.45cM，标记间 平均间隔为 0.74cM。在此基础上，通过共享标记（hk×hk）在 MergeMap Online 平台上完成图谱的整合。整合图谱共有 22 个连锁群，标记总数为 5328 个，每 个连锁群标记数目为 132-349 个不等，平均标记数为 242 个，连锁群长度在 93.9cM-293.9cM 之间，图谱总长度为 3697.02cM，标记间平均间隔为 0.57cM。 经过计算预期图谱长度为 3727.66cM，所以图谱覆盖率达到 99.2%。最终利用 MapCharp software 完成图谱图形化。 本研究中利用已构建的仿刺参 SNP 遗传连锁图谱，统计了 100 个 F1 子代个 体的体重性状。通过 MapQTL5.0 软件及 GWAS 联合分析可能的 QTL 位点，结 果仅在染色体水平发现与仿刺参体重性状相关的可能标记位点，而未在全基因 组水平找到体重性状相关的 QTL 位点。 关键词：仿刺参；2b-RAD 技术；SNP；遗传连锁图谱；QTL Construction and Application of High Density SNP Geneti