蛋白质组学中的生物信息学研究-生物化学与分子生物学专业论文.docxVIP

摘要 摘要 建立一个能够满足研究需要的生物信息学平台，包括整合的本 地数据库平台，完善的软件集成系统以及臼主开发出的新的计算理 论，新的算法，新的软件体系来对产生的原始数据进行处理和分析， 获得传统生物学实验工作无法得到的结果，是深化本实验室开展多 年的蛋白质组学和蜘蛛毒素组学研究的一个重要任务。这里我们建 立了小阔和人的蛋白质组整合数据库、开发了一套包括结果文件的 信息提取、功能预测、相互作用预测、代谢途径预测的综合蛋白质 分析平台、改进了系统发生谱的蛋白质相互作用预测的算法、开发 了一个基于序列信息的代谢途径预测方法，使实验室的数据处理与 数据分析过程初步实现程序化、系统化。 全基因组序列的获得，促进了蛋白质组规模的研究生物功能的 工具的发展。许多实验或‘ in silico 的方法旨在保证生物学意义的 同时，把单个的蛋白质聚类成网络。这些方法之中，系统发生谱 (phylogenetic profiles) 的方法，是一个比较受欢迎的气n silico 的 蛋白质组预测方法，现已广泛用于蛋白质相互作用预测。近来， Date et al 改进了这个方法，用于基因组规模下重构蛋白质的相互作用网 络以及挖掘新的细胞系统 l。这里，我们在这个改良版本的基础下优 化系统发生谱方法。通过整合物种的系统发生关系、同源性查找、 蛋白质功能注释的信息，来提高预测的精确度。在细节上对参考物 种以及同源性搜索进行研究，我们发现它们的选择对系统发生谱方 法的预测准确度布着至关重要的影响。经我们优化得到的预测数据 与改良版本预测l出的相互作用数据进行比较的结果表明在预测量白 质的功能联接时，优化后的系统发生谱方法具有更高的可靠性。 我们还深入研究了生物途径重构的方法。生物途径以及其它类型 皿 摘要 的相互作用信息给蛋白质序列数据提供系统的解释，并且为假想蛋 白提供可能的功能注释。已经有很多的方法被开发出来用以全基因 组规模的蛋白质相互作用预测以及生物途径的重构，但是大多数的 方法都具有一定的局限性。代谢途径，尤其是中间代谢在大多数的 物种中都是高度保守的，把已经透彻研究了的物种的代谢途径信息、 平移到新完成测序的物种将具有显著的意义。因此，我们探索了- 个物种的代谢途径信息可用来构造另一个物种的代谢途径的可能 性。我们利用从源物种的蛋白质相互作用数据平移得到的 interolog 数据搜索目标物种的 metabolog ，它是被预测为与源物种的相应蛋 白质具有相同的 EC 号或者具有相同的酶活性的蛋白质。使用 KOG 数据库中的同源蛋臼质信息，我们从酵母的包含构造 52 个生物途径、 涉及到 1414 个蛋白的 3462 对高的可信度的相互作用蛋白质平移， 在线虫中获得了 1622 个蛋白质的 9628 对相互作用以及果蝇中 1682 个蛋白质的 8708 个相互作用对。基于这两组 interologs 数据，我们 预测得到钱虫的 413 个 metabologs 和果蝇的 490 个 metabologs ，其 中 45% 同 KEGG 或 ENZYME 数据库中的描述匹配，部分没匹配的数 据在两个物种的专门数据库 WormBase 和 FlyBase 能找到相关的描 述信息，为 KEGG 或 ENZYME 数据库中的 missing (丢失)蛋白质 提供了侯选蛋白质的信息。 关键词:整合数据库，数据分析，蛋白质相互作用，功能预测， 生物途径重构。 IV 搞雯 Abstract A bioinformatics platform was been needed to deepen the researches of proteomics and spider toxinome launched jointly by our laboratory for many years，which including the local combined database platform，the perfect integrated system of so台ware，new calculation theory， new algorithm and new so食W缸e system developed independently to deal with and analyze the initial data and to obtain the results that cant be received by traditional bioJogical experiment. ln the present study，three works were conducted: first，set up the merger data