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刀鲚和凤鲚遗传多样性的微卫星分析-渔业资源专业论文
上海海洋大
上海海洋大学硕士学位论文
I
II
度(Ho)的变化范围为 0.14 至 1.00,期望杂合度(He)的变化范围为
0.54 至 0.91 之间。用刀鲚的微卫星引物跨种扩增结果显示,除了 9 个 位 点 (DJ232,DJ241,DJ310,DJ312,DJ568,DJ578,DJ588,DJ639,DJ670)
在凤鲚群体和 1 个位点(DJ161)在湖鲚群体外,其它位点均能在凤鲚 和湖鲚中稳定扩增出清晰的目的条带,结果表明这些微卫星引物对近 缘种亦适用。这些微卫星标记可为刀鲚及近缘种的种质资源评估、遗 传多样性和遗传结构分析、遗传连锁图谱构建等提供候选标记。
2.刀鲚 10 个地理群体遗传多样性分析
利用 10 对微卫星引物对我国刀鲚 10 个地理群体 285 个个体进行
了遗传多样性分析,10 个位点在 10 个群体共检测到 994 个等位基因,
每个位点的等位基因数变化范围在 3-19 之间,平均的等位基因数为 9.94,其中平均等位基因数最高的是连云港(LYG)群体(Na =11.9), 最低的为福州(FZ)群体(Na =6.5);有效等位基因数(Ne)在 1.29-15.02
之间;Ho 和 He 分别在 0.08 到 0.88 和 0.23 到 0.93 之间;平均观测杂 合度为 0.36-0.58,其中福州(FZ)群体最低,安庆(AQ)群体最高; 平均期望杂合度(He)为 0.65-0.88,其中福州(FZ)群体最低,鄱阳湖
(PY)群体最高;PIC 最高的为连云港(LYG)群体的 DJ41 位点(0.93), 最低的为福州(FZ)群体的 DJ312 位点(0.21)。分子方差分析( AMOVA ) 结果显示遗传变异中有 15%的变异来自群体间,85%的变异来自群体内。 遗传分化系数 Fst 表明 FZ 群体和其他群体的遗传差异较大,UPGMA 聚
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类和主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)还显示洞庭湖
(DT)和武汉(WH)群体与其他群体间也有一定程度的分化,贝叶斯 聚类(Bayesian Cluster)也支持这些观点。
3.凤鲚 3 个河口群体遗传多样性研究
运用微卫星分子标记对凤鲚的 3 个河口群体(长江口-CJ、闽江口
-MJ 和珠江口-ZJ),共 90 个个体的遗传多样性水平及群体间的遗传分 化进行分析。结果显示:1)8 对微卫星引物共检测到 720 个扩增片段, 等位基因大小在 100bp-310bp 之间,每个基因座的等位基因数从 2-20 个不等;各群体平均多态信息含量(PIC )在 0.64-0.78 之间;Ho 和 He 分别在 0-0.93 和 0.25-0.92 之间,平均观测杂合度为 0.21、0.09 和 0.12;平均期望杂合度为 0.81、0.79 和 0.68;CJ 群体和 MJ 群体的多 态性水平比 ZJ 群体的要高。2)Fst 值和主成分分析(PCA)结果表明 三个群体间遗传分化非常显著,有可能达到了亚种的水平。
关键词:刀鲚,凤鲚,微卫星标记,跨种扩增,遗传多样性,种群分化
Genetic Diversity of Coilia ectenes and Coilia mystus Revealed by Microsatellite Markers
Abstract
Genus Coilia fishes, the small- to moderate-size fishes in the Family Engraulidae, Order Clupeiformes, are widely distributed in the northwest and western Pacific Ocean. There are four kinds of Coilia fishes, i.e., C. ectenes, C. mystus, C. brachygnathus and C. grayii, recorded in China. Among them, C. ectenes and C. mystus are very popular with high economic value. Due to environmental deterioration and great capture pressure, the resources of C. ectenes and C. mystus are declining and the protection of Coilia resources is very ur
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