蛋白质对称性远程预测系统的设计实现-理论物理专业论文.docxVIP

华 华 中 科 技 大 学 硕 士 学 位 论 文 1 绪 论 1.1 综述蛋白质的相关知识 1.1.1生命历程中蛋白质的作用 生物体是由许许多多成分组成的，这其中有许多离子和小分子，比如金属离子， 非金属离子以及各种有机小分子；除此以外还有更加多样的各种大分子，其中比较 常见的有多糖、脂类、蛋白质、核酸等。而这其中最重要的又要数蛋白质和核酸了。 蛋白质在细胞和生物体的几乎所有生命活动过程中，都起着十分重要的作用。生物 的结构和性状全都与蛋白质有关。另外，基因表达的调节也有蛋白质的参与，比如 细胞中的电子传递、氧化还原反应，甚至记忆和学习等很多生命活动过程。另外在 生命过程中的各种反应中起催化作用的酶主要也是蛋白质。蛋白质还是一些重要的 激素，比如胰岛素和胸腺激素。此外，多种蛋白质还有一些其他的作用，如植物种 子（大豆、小麦、花生等）中的蛋白质和动物蛋白、奶酪等都是供生物营养生长之 用的蛋白质。有些蛋白质如蜂毒、蛇毒等是动物攻防的武器[1]。 1.1.2蛋白质的基本构成 蛋白质是重要的生物大分子，其组成单位是氨基酸。组成所有蛋白质的各种氨 基酸只有 20 种，它们均为α-氨基酸。它们的具体结构式每个氨基酸的α-碳上连接 有 4 个基团，分别是一个羧基，一个氨基，一个氢原子和一个侧链 R 基团。20 种氨 基酸结构的差别就在于它们的 R 基团的不同。 根据氨基酸侧链带的 R 基团的极性的不同，可将其分为四大类：非极性 R 基氨 基酸（8 种）；不带电荷的极性 R 基氨基酸（7 种）；带负电荷的 R 基氨基酸（2 种） 以及带正电荷的 R 基氨基酸（3 种）。 1 PAGE PAGE 2 氨基酸能通过肽键相互连接而成的化合物——肽，肽能根据形成其氨基酸的多 少大约分为以下几类：二肽由 2 个氨基酸组成，三肽由 3 个氨基酸组成，寡肽由少 于 10 个氨基酸肽组成，由 10 个以上氨基酸组成的肽称为多肽。肽链通过自身折叠 形成特定的空间结构，从而成为蛋白质。若蛋白质中只含有肽链，则为简单蛋白； 如果蛋白质中同时还含有其他成分则为复合蛋白[1]。 1.1.3蛋白质的结构层次 蛋白质是具有特定构象的大分子，蛋白质结构可分为多个水平的结构，从小到 大即一级结构、二级结构、超二级结构、结构域、三级结构和四级结构。我们一般 将二级结构四级结构称为高级结构[2]。 1．一级结构指的是蛋白质中构成多肽链的氨基酸的排列顺序。我们都知道，肽 键是蛋白质中氨基酸与氨基酸之间的一般连接方式，它是由两个氨基酸的α-氨基和 α-羧基之间通过脱去一分子水缩合而成的。另外由于肽键较为特殊，它具有一定双 键的性质，因此整个肽单位实际上是一个具有完整刚性的平面结构。 2．蛋白质的二级结构指的是多肽链的主链经过各种折叠盘绕所形成的有一定规 律的结构。α-螺旋和β-折叠是基本的二级结构类型，除此以外，还有自由回转和 β-转角等等。右手α-螺旋结构是在球蛋白和纤维蛋白中最常见的二级结构,它的结 构是每圈螺旋固定含有 3.6 个氨基酸残基，螺距为 0.54nm,一个螺旋中的所有肽键都 参形成氢键从而维持螺旋能够稳定。另外一种常见的二级结构是β-折叠，在β-折 叠中，肽链一般是曲折伸展的，肽链的伸展方向有平行和反平行两种。相邻肽链之 间形成氢键，最后从而连成完整的片层结构。 3．结构域[3]比较特殊，它的结构层次介于二级结构和三级结构之间，一般而言， 它指的是在蛋白质的亚基结构中能够被我们明显分开的紧密结构区域。 4．整条多肽链盘曲折叠形成的空间三维构象就是蛋白质的三级结构，它是以二 级结构为基本单位，多肽链进一步的折叠卷曲形成复杂的分子结构。球蛋白是最为 常见的一类蛋白质，这类蛋白质有一个特点，就是形成它们的多肽链能够在三维空 间中向着多个方向盘绕折叠，折叠到最后就形成了十分紧密的一个结构，该结构近 似于球形，分子内部的空间只能容纳极少数水分子，同时几乎所有的极性 R 基全都 分布在分子外表面，似乎形成了一个亲水保护壳，而同时非极性的基团则全都被挤 到分子内部，无法接触水。 5．已经具有完整的三级结构的多条多肽链通过非共价键相互接合而成的聚合体 就是蛋白质的司机结构。在蛋白质的四级结构中，每一条拥有三级结构的肽链被称 为亚单位，或者称为亚基。四级结构涉及所有亚基在整个分子中的空间排布以及亚 基之间的相互关系。 1.1.4蛋白质结构与功能的关系 不同的蛋白质，由于结构不同因而具有不同的生物学功能。蛋白质的生物学功 能是与蛋白质分子的天然构象所具有的性质，功能与结构密切相关的。 一．一级结构与功能的关系 蛋白质功能与蛋白质的一级结构也就是氨基酸序列是具有相适应性和统一性 的，可从以下几个方面说明： （1）分子病与一级结构的变异的关系 蛋白质中的氨基