不同鸡种BF1基因SNP和Indel比对分析-江苏农业学报.PDF

江苏农业学报(ＪｉａｎｇｓｕＪ.ｏｆ Ａｇｒ.Ｓｃｉ.)ꎬ２０１８ꎬ３４(５):１０８７~１０９４ ｈｔｔｐ:/ / ｗｗｗ.ｊｓｎｙｘｂ.ｃｏｍ １０８７ 陈博雯ꎬ郑圣晗ꎬ张　 莘ꎬ等. 不同鸡种ＢＦ１基因ＳＮＰ 和Ｉｎｄｅｌ 比对分析[Ｊ].江苏农业学报ꎬ２０１８ꎬ３４(５):１０８７￣１０９４. ｄｏｉ:１０.３９６９/ ｊ.ｉｓｓｎ.１０００￣４４４０.２０１８.０５.０１７ 不同鸡种ＢＦ１基因ＳＮＰ和Ｉｎｄｅｌ 比对分析 陈博雯ꎬ　 郑圣晗ꎬ　 张　 莘ꎬ　 王统苗ꎬ　 王志秀ꎬ　 张　 扬ꎬ　 陈国宏ꎬ　 常国斌 (扬州大学动物科学与技术学院ꎬ江苏 扬州 ２２５００９) 　 　 摘要:　 鸡ＢＦ１基因多态性与传染性疾病的抗性有很大关系ꎮ 鸡 ＢＦ１基因多态性及功能尚不清楚ꎮ 本 研究直接测定了２５个鸡种ＢＦ１基因序列ꎬ并与从 ＮＣＢＩ下载的红色原鸡 ＢＦ１基因进行了比较ꎬ构建系统进 化树进行分析ꎮ 结果显示ꎬ在这２５个鸡种中共检测到了 １７１个单核苷酸多态性(ＳＮＰ)ꎬ其中外显子上发现 了１０８个 ＳＮＰꎮ 这些外显子中ＳＮＰ 位点编码氨基酸 １６６ 个ꎬ其中有 ５８个氨基酸发生变异ꎬ氨基酸序列同源 性高于核苷酸ꎮ 外显子４ 和外显子 １的ＳＮＰ 数量最多ꎬ占４６％以上ꎬ第５、第６、第７、第 ８外显子属于保守区 域ꎮ 核苷酸序列缺失主要发生在外显子 １和内含子５上ꎮ ２５个鸡种根据地理位置和气候环境大致可被分为 ３大类ꎮ 说明ꎬＢＦ１基因在核苷酸多态性水平上存在较高的变异性ꎬ为鸡抗病育种提供了基础ꎮ 关键词:　 鸡ＭＨＣꎻ ＢＦ１基因ꎻ ＳＮＰꎻ ＩＮＤＥＬ 中图分类号:　 Ｓ８５８.３１　 　 　 文献标识码:　 Ａ　 　 　 文章编号:　 １０００￣４４４０(２０１８)０５￣１０８７￣０８ Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＳＮＰ ａｎｄ Ｉｎｄｅｌ ｏｆ ＢＦ１ ｇｅｎｅ ｉｎ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｃｈｉｃｋｅｎ ｂｒｅｅｄｓ ＣＨＥＮ Ｂｏ￣ｗｅｎꎬ　 ＺＨＥＮＧ Ｓｈｅｎｇ￣ｈａｎꎬ　 ＺＨＡＮＧ Ｘｉｎꎬ　 ＷＡＮＧ Ｔｏｎｇ￣ｍｉａｏꎬ　 ＷＡＮＧ Ｚｈｉ￣ｘｉｕꎬ　 ＺＨＡＮＧ Ｙａｎｇꎬ ＣＨＥＮ Ｇｕｏ￣ｈｏｎｇꎬ　 ＣＨＡＮＧ Ｇｕｏ￣ｂｉｎ (Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙꎬＹａｎｇｚｈｏｕ ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬＹａｎｇｚｈｏｕ ２２５００９ꎬＣｈｉｎａ) 　 　 Ａｂｓｔｒａｃｔ:　 Ｔｈｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｏｆ ｃｈｉｃｋｅｎＢＦ１ｇｅｎｅｉｓｃｌｏｓｅｌｙ ｒｅｌａｔｅｄｔｏｔｈｅｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｏｆ ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓｄｉｓｅａｓｅｓ.Ｔｈｅｐｏｌ￣ ｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎｏｆ ｃｈｉｃｋｅｎＢＦ１ｇｅｎｅｈａｖｅｎｏｔ ｂｅｅｎｃｌａｒｉｆｉｅｄ.Ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆＢＦ１ｇｅｎｅｏｆ２５ｃｈｉｃｋｅｎｂｒｅｅｄｓｗａｓ ｄｉｒｅｃｔｌｙ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄａｎｄｃｏｍｐａｒｅｄｗｉｔｈｔｈａｔｏｆｔｈｅｒｅｄｊｕｎｇｌｅｆｏｗｌＢＦ１ｇｅｎｅｄｏｗｎｌｏａｄｅｄｆｒｏｍＮＣＢＩꎬｔｈｅｎｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｓ ｗｅｒｅ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄｆｏｒ ａｎａｌｙｓｉｓ.Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｓｈｏｗｅｄｔｈａｔ １７１ＳＮＰｓｗｅｒｅｆｏｕｎｄｉｎｔｏｔａｌ２５ｃｈｉｃｋｅｎｂｒｅｅｄｓꎬｉｎｃｌｕｄｉｎｇ １０８ＳＮＰｓ ｉｎ ｅｘｏｎ. Ｔｈｅｓｅ ＳＮＰｓ ｉｎ ｅｘｏｎｓ ｒｅｓｕｌｔｅｄｉｎ５８ａｍｉｎｏａｃｉｄｖａｒｉａｔｉｏｎｓｉｎｔｈｅ １６６ａｍｉｎｏａｃｉｄｓꎬｔｈｅｈｏｍｏｌｏｇｙ ｏｆ ａｍｉｎｏａｃｉｄｗａｓ ｈｉｇｈｅｒ ｔｈａｎ ｔｈａｔ ｏｆ ｔｈｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ. Ｔｈｅ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ＳＮＰｓ ｉｎ ｅｘｏｎ ４ ａｎｄ ｅｘｏｎ １ｗａｓ ｔｈｅ ｈｉｇｈｅｓｔꎬａｃｃｏｕｎｔｉｎｇ ｆｏｒ ｍｏｒｅ ｔｈａｎ ４６％ꎬｔｈｅ ｅｘｏｎ ５ꎬｅｘｏｎ６ꎬｅｘｏｎ７ꎬｅｘｏｎ８ ｂｅｌｏｎｇｅｄ ｔｏ ｔｈｅ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｒｅｇｉｏｎ. Ｔｈｅ ｄｅｌｅｔｉｏｎ ｏｆ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏ