多序列对位排列.PPT

* 第五章 多序列对位排列 生物信息学 chicken PLVSS---PLRGEAGVLPFQQEEYEKVKRGIVEQCCHNTCSLYQLENYCN xenopus ALVSG---PQDNELDGMQLQPQEYQKMKRGIVEQCCHSTCSLFQLESYCN human LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN monkey PQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN dog LQVRDVELAGAPGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN hamster PQVAQLELGGGPGADDLQTLALEVAQQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN bovine PQVGALELAGGPGAGG-----LEGPPQKRGIVEQCCASVCSLYQLENYCN guinea pig PQVEQTELGMGLGAGGLQPLALEMALQKRGIVDQCCTGTCTRHQLQSYCN Bring the greatest number of similar characters into the same column of the alignment Multiple Sequence Alignment (MSA) 多序列对位排列 Find out which parts “do the same thing” 为什么要做MSA？ 用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了解一个基因家族的基本特征，寻找motif，保守区域等。用于预测新序列的二级和三级结构，进而推测其生物学功能。 用于描述同源序列之间的亲缘关系的远近，应用到分子进化分析中。是构建分子进化树的基础。 为什么要做MSA？ a b c Gene tree A B C Species tree We often assume that gene trees give us species trees 为什么要做MSA？ Contig assembly 怎么做MSA？ 动态规划算法（dynamic programming）：MSA 改进算法（heuristic algorithm）： 1. 渐进法（progressive methods）：Clustal, T-Coffee, MUSCLE 2. 迭代法（iterative methods）：PRRP, DIALIGN 3. 其它算法：Partial Order Algorithm、profile HMM、 meta-methods (MAFFT)… http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/ Current Opinion in Structural Biology 2006, 16:368–373 Clustal：目前应用最广泛的 MSA 方法 可在线分析 可在本地计算机运行 Clustal使用方法 序列输入、输出格式 FASTA NBRF/PIR EMBL/SWISSPROT ALNGCG/MSFGCG9/RSFGDE ALNNBRF/PIRGCG/MSFPHYLIPNEXUSGDE/FASTA Input Output sequence1ATTGCAGTTCGCA …… sequence2ATAGCACATCGCA…… sequence3ATGCCACTCCGCC…… / 两两比对构建距离矩阵 构建指导树（guide tree） 将距离最近的两条序列用动态规划的算法进行比对； “渐进”的加上其他的序列 Clustal W/X算法基础 Clustal在线分析方法（ClustalW） 多序列对位排列结果 粘贴或上载序列 EBI的ClustalW分析网页 http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/ 调整参数 http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw/help/ Alignments Result Summary 自带Help文件 Using ClustalX for multiple sequence alignment