量子化学计算程序包GAUSSIAN.PDFVIP

科学计算应用软件系列介绍 57 量子化学计算程序包GAUSSIAN 王涛 上海超级计算中心 上海 201203twang@ 摘要： GAUSSIAN是一款商业化的量子化学计算程序包。本文对Gaussian的发展背景和程序使用的 方法进行了初步介绍，并描述了GAUSSIAN在上海超级计算中心曙光4000A上的安装过程，同时 给出了该软件在曙光4000A上的使用方法。 背景介绍 器上，能获得很好的性能。对于跨节点的计算， Gaussian是目前计算化学领域内最流行、应用 Gaussian使用TCP Linda软件来实现。TCP Linda是 范围最广的商业化量子化学计算程序包。它最早 一个虚拟共享内存的并行执行环境，它可以把一 是由美国卡内基梅隆大学的约翰·波普 （John A 个通过网络连接的分布式内存的机群或工作站虚 Pople, 1998年诺贝尔化学奖）在60年度末、70年代 拟成共享内存环境，从而使像Gaussian这样的用 初主导开发的。其名称来自于该软件中所使用的高 OPENMP实现并行的程序能够在分布式内存的机器 斯型基组。最初，Gaussian的著作权属于约翰·波 上运行。 普供职的卡内基梅隆大学；1986年，约翰·波普进 入美国西北大学后，其版权由Gaussian,Inc.公司所 软件功能 持有。Gaussian软件的出现降低了量子化学计算的 Gaussian基本实现了量子化学和分子动力学 门槛，使得从头计算方法可以广泛使用，从而极大 的各种计算方法，它可以通过ONIOM（最早在 地推动了其在方法学上的进展。 Gaussian98中采用）技术来研究生物大分子和蛋白 到目前为止，Gaussian已经推出了12个版 质的反应和光谱、通过计算自旋偶合常数来决定构 本，包括Gaussian70、Gaussian76、Gaussian80、 型、通过周期性边界条件方法来预测聚合物和结晶 Gaussian82、Gaussian86、Gaussian88、 体这样的周期性体系、计算各种光谱和光谱性质、 Gaussian90、Gaussian92、Gaussian92/DFT、 模拟溶剂对化学反应和分子性质的影响等等。它的 Gaussian94、Gaussian98、Gaussian03等，其版本数 基本特性算法如下： 字也是该版本发布的年份。其中，每个版本发布  可对任何一般收缩的gaussian函数计算单 后，还陆续发布了一些这些版本的修订版。目前最 电子和双电子积分。这些基函数可以是笛卡尔高斯 新的版本是Gaussian03 Revision D.01/D.02。 函数或纯角动量函数，并且有多种基组存储于程序 Gaussian程序是用FORTRAN语言编写的，它 中，可以通过名称调用。积分可储存在内存和外接 从量子力学的基本原理出发，可计算能量、分子结 存储器上，或在用到时重新计算。对于确定类型的 构、分子体系的振动频率以及大量从这些基本计算 计算，计算的花费可以使用快速多极方法(FMM)和 方法中导出的分子性质。它能用于研究不同条件下 稀疏矩阵技术实现线性化。 的分子和反应，包括稳定的粒子和实验上难以观测  将原子轨道(AO)积分转换成分子轨道基的 的化合物，例如瞬时的反应中间物和过渡结构。 计算，可用的方法有“in-core”（将AO积分全部 Gaussian的并行模式是采用OpenMP来实现 存在内存里）、“直接”（不需储存积分）、“半 的。OPENMP的并行实现是针对共享内存的机器 直接”（用磁盘储存部分积分）或“传统”方法（ 的，实现方法简单。因此Gaussian在共享内存的机