基因调控信息集成数据库智能更新-生物信息学专业论文.docxVIP

摘要题 摘要 题 名： 基因调控信息集成数据库智能更新 硕士姓名： 夏小俊 导师姓名： 孙啸 学校名称： 东南大学 随着人类基因组计划的完成以及分子生物学相关学科的发展，大量的基因组 序列得以测定，而基因调控信息的发掘和研究则是下～步生命科学研究的重点。 在现有基因调控信息数据的基础上建立起来的基因调控信息集成数据库(Gene Regulation Information，简称Gm?作为基因调控信息分析的平台，它的建立将大 大促进生物学和生物信息学的发展。但该系统数据源为多元异构的网络数据，数 据库的来源分布广泛，这给后台数据库的更新带来了一定的难度。同时，随着人 类基因组计划的完成，基因调控和表达已成为当前生物科学研究的熟点，而为了 及时知晓当前国际国内的最新研究情况，开发～个可以按照用户自定义需求智能 查找基因调控信息数据源的信息系统也在所必然。本文根据上述研究需要，提出 了应用智能代理的相关技术来实现数据库动态更新和数据源搜索的应用方案，并 在此基础上，研究和开发了数据库智能更新系统和信息检索系统InfoAgent。 数据库智自皂更颓系统是针对GRI数据库的数据来源广泛、各数据库数据格 式差距较大等问题而提出的，它利用智能代理技术在网络上对外部数据源进行实 时的动态检测并根据系统需求灵活地取得所需的数据，并将获得的数据经过整理 过滤返回到数据库核心中，从而保证了GRI数据库的正常建立和运行，达到了 数据库动态维护和更新的目的。应用本系统可以极大地减轻数据库的数据维护工 作强度，同时在较少改动的情况下即可自动适应大多数新的情况，从而大大减少 了后期维护的成本。 面向基因调控信息领域的信息代理系统InfoAgent是一个双层的 Client／Server结构，它建立在界面代理、用户兴趣学习代理、信息获取代理和文 档检索代理等多代理之上，能够通过系统及用户自定义的数据源，及时获取当前 基因调控信息集成数据库智能更新国际上基因调控信息的最新文档，并通过向量空间模型算法选择其中和用户兴趣 基因调控信息集成数据库智能更新 国际上基因调控信息的最新文档，并通过向量空间模型算法选择其中和用户兴趣 相关的文档推荐给用户，并能接受用户的反馈而进行主动调整。同时该系统还实 现了基于用户兴趣的调控信息智能检索。本系统的实现可以帮助用户及时了解当 前国际国内基因调控信息的研究进展，从而大大减轻了用户搜索和查找相关文档 的时间和精力，同时该系统可以学习用户的兴趣并不断调整以更加适应的用户的 要求。 关键词：智能代理 数据库 数据更新 信息检索 数据源搜索 基因调控 Il 苎里塑丝笪皇壅盛墼塑壁塑墼里堑————Abstract 苎里塑丝笪皇壅盛墼塑壁塑墼里堑———— Abstract THESIS TITLE：Intelligent data update on Integrated Database System ofGene Regulation Information MASTER NAME：XIA Xiaojtan SUPERVISOR NAME：SUN Xiao SCHOOL NAME：Southeast University With the accomplishment of the sequencing stage of the Human Genome eruject (HGP)and the development ofrelevant branches ofmolecular biology,a large amount of genome sequences has been achieved，Data mining and research based on gene regulation information is to be the next research emphasis in life science．We have built all integrated database system of gene regulation information which is based on existing gene regulation data,its foundation will promote the development ofbiology and bioinformatics greatly．The date sources of our system are v州ous and the data structuresre disparate，SO it brings difficulty in system maintenance．At the same time，in order to know