一株新的hiv-1crf01_aecrf07_b的c独特重组型毒株的鉴定.docxVIP

中文摘要中文摘要 中文摘要 中文摘要 HIV-1最重要的特征之一是其具有高度的遗传多样性，基因重组在其中扮演 了十分重要的角色。全球范围内HIV-1流行重组型和独特重组型越来越多，并 在HIV的流行中发挥着越来越重要的作用。 本研究选择了一份来自于吉林省同性恋HIV感染者的血浆样本，采用近末 端稀释的方法对该样本进行近全长基因组(Near full．1ength genome，NFLG)扩 增，电泳鉴定结果表明成功扩增出9．1kb的近全长基因组片段。获得的阳性PCR 产物经胶纯化后直接进行序列测定，获得的序列数据经拼接和清理后，采用 MEGA 5．05软件进行系统进化树分析，SimPlot 3．5．1软件进行重组断点分析， BioEdit 7．0．9．0软件进行序列比对分析。 重组断点分析结果显示，该序列由CRF01 AE和CRF07 BC重组形成，主 要骨架为CRF01 AE，序列中包括4个重组断点，相对于HXB2分别位于443 lbp， 4739bp，5501bp和5825bp，2个CRF07 BC片段存在于pol基因和vif-vpr基因 区段，长度分别为340bp和323bp。 系统进化树分析结果显示，该病毒中的3个CRF01 AE片段均与来源于我 国北方主要在MSM人群中流行的CRF01 AE毒株聚集在一起，其Bootstrap值 为100％，这一结果提示CRF01 AE的亲本可能来源于MSM人群，在MSM人 群中可能比较容易发生基因重组。该病毒中的2个非CRF01 AE片段与 CRF07 BC参考毒株集聚在一起，Bootstrap值分别为77％和99％。序列比对结 果显示，2个片段的核苷酸序列均与CRF07 BC参考株一致，这表明2个片段均 来源于CRF07 BC毒株。 本研究获得的HIV-1新的重组模式病毒主要骨架为CRF01 AE，常规的利 用gag和env基因鉴定HIV亚型的方法无法准确定义，这表明我国HIV的流行 可能比预期复杂，HIV分子流行病学研究中对于亚型的鉴定将面临新的挑战。 关键词：人类免疫缺陷病毒1型，近全长基因组，独特重组型，CRF01—AE， CRF07 BC，重组断点分析，系统发生分析 AbstractAbstract Abstract Abstract One of the most important characteristics of HIV-1 is its high genetic diversity, in which recombination plays a very important role．More and more circulating recombinant forms(CRFs)and unique recombinant forms(URFs)are identified globally and have increasingly important implications in the HW epidemic． In this study,a near full-length genome(NFLG)with a 9．1 kb fragment was amplified using a near end—point dilution method from a plasma specimen collected from a HIV-positive individual infected through MSM exposure in Jilin Province． Successfully amplified PCR products were identified by electrophoresis and were directly sequenced after purification from agarose gel．The sequencing data were used to perform phylogenetic analysis by MEGA 5．05 after data cleaning．The breakpoint sites were identified with SimPlot 3．5．1，while the alignments were built by BioEdit 7．O．9． The recombination identification analysis showed that this NFLG sequence Was composed by both CRF01一AE and CRF07一BC with 4 breakpoints at 443 lbp，4739bp， 5501b