网站总结.docxVIP

一：数据转换 MRIcron MRIcron是一个跨平台的支持NIFTI格式的医学图像可视化软件，可以加载显示多层医学图像，产生体积重建后的图像；MRIcron还可以为其他平台创建并输出头文件为解析格式的脑图像。MRIcron中提供了用于数据格式转换的dcm2nii功能，可用于DICOM转换成NIFTI格式， 还可用于NIFTI3D数据转换成NIFTI4D格式。 二：可视化软件 1.ITK-SNAP ITK-SNAP是一个用于分割3D医学图像的应用软件，它是用C++，基于C++中的可视化分割和配准库（ITK）是免费、开源且可跨平台使用的。ITK-SNAP是由宾夕法尼亚大学佩恩图像计算和科学实验室（PICSL）的Paul Yushkevich博士和科学计算图像研究所（SCI）的Guido Gerig博士合作开发完成。ITK-SNAP提供了基于活动轮廓算法的半自动分割方法，图像显示和手动描绘。 2.xjview xjview是SPM工具箱中一个显示的软件包，可以显示有差异的区域，在xjview中可以改变p值和FDR值的大小，从而观察随着不同阈值，区域差异的改变。下面两幅图是本人之前做过的比较男女大脑灰质体积差异的结果，仅供参考。 3.Perl 4.Surf Ice是用于大脑皮层重建的跨平台工具，其中还集成了大脑网络连接的可视化和大脑解剖结构图谱，Surf Ice类似于MRIcron，但MRIcron是用于三维体积重建，而Surf Ice是用于大脑皮层重建。Surf Ice区别于其他流行分析工作的一个主要特点是采用可编程着色器，Surf Ice生成图像包括三个阶段，第一阶段将画出所有的项目并创建一个深度缓冲，第二个阶段是相同的，但不包括解剖扫描，最后阶段是使用深度缓冲来估计基于表面的大脑的深度，这些不同的图像结合成最终的图像。 目前Surf Ice集成大脑网网络图像，定义了节点和边，所以可以用来分析海马区的网络连接，直接反应海马与大脑其他区域结构连接情况，从而更好的分析网络连接。 6.TrackVis TrackVis是一个软件能可视化并分析纤维追踪产生于核磁图像弥散张量成像（DTI），弥散光谱成像（DSI）和其他弥散图像科技。 7.BrainNetViewer BrainNetViewer是一个用Matlab开发的脑网络可视化软件，可以显示不同的脑结构连接和脑功能连接，load file之后，可读入的文件有以下四种， 脑曲面文件（Brain surface files）：ASCII文件，后缀名为“nv”,包含了脑曲面上的定点和三角面片信息。 节点文件（node files）:ASCII文件，后缀名为“node”,为n×6的矩阵，包含了节点的坐标、颜色、大小和标签信息。 边文件（edge files）：ASCII文件，后缀名为“edge”，为n×n的矩阵，即节点间的相关矩阵。 三维图像文件（volume files）：NIFTI或Analyze格式，后缀名为配对的“hdr”和“img”该文件仅用于体素到曲面的映射绘制。 三：Linux资源 1.常用命令——文件和目录 cd /home 进入’/home’目录 cd ..返回上一级目录 cd ../..返回上两级目录 cd 进入个人的主目录 cp -f file1 file2 指定使用强制复制的模式把文件file1复制成file2 cp -R dir1 dir2 将目录dir1复制成目录dir2 cp -R file1 file2 file3 dir1 dir2 同时将文件file1 file2 file3与目录dir1复制到dir2 cat file 查看文件内容但不能编辑 ls 查看目录中的文件 ls -l 列出文件详细信息，包括创建者和时间，拥有的权限 ls -S以文件大小进行排序 ls -a 列出当前目录下所有文件及目录，包括隐藏的 ln 创建链接文件 sudo su 获得root用户权限 chmod 777 file1 使文件获取读、写、执行的权限 mkdir dir1 创建一个叫’dir1’的目录 mkdir dir1 dir2 同时创建两个目录 mkdir -p /tmp/dir1/dir2 创建一个目录树 rm -f file1 删除一个叫做’file1’的文件 rmdir dir1 删除一个叫做’dir1’的目录,dir1是空目录 rm -rf dir1 删除一个叫做’dir1’的目录并同时删除其内容 rm -rf dir1 dir2 同时删除两个目录及它们的内容 mv file1 file2 file3 dir 把文件file1 file2 file3移动到目录dir中 mv file1 file2 把文件file1重命名为file2 pwd 显示当前目录