奶牛瘤胃原虫引物设计优化及其在日粮效应评价中的应用动物营养与饲料科学专业论文.docxVIP

优秀毕业论文 精品参考文献资料 Secrecy： Secrecy： No．： Chinese Academy of Agricultural Sciences Master Dissertation New Rumen Ciliate Primers Targeting Full-Length 18S rRNA Genes and Its Application in Evaluating Dietary Effect on Ciliate Diversity in the Rumen of Dairy Cows M．S．Candidate： Jun Zhang Supervisor：Pro￡Jiaqi Wang Major： Animal Nutrition and Feed Science Specialty： Ruminant Nutrition Chinese Academy ofAgricultural Sciences April 2015 万方数据 独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成 独创性声明 本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成 果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发 表或撰写过的研究成果，也不包含未获得中国农业科学院或其它教育机构的学位或证 书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了 明确的说明并表示了谢意。 研究生签名：分皮 时间： 矽压年j月媚 关于论文使用授权的声明 本人完全了解中国农业科学院有关保留、使用学位论文的规定，即：中国农业科 学院有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩 印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意中国农业科学院可以用不同方式在不 同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。 研究生签名： 弦俊 时间： 弦心年j月j J同 导师签名： mJ-fi]：为／j年j月．?7同 万方数据 中国农业科学院 中国农业科学院 硕士学位论文评阅人、答辩委员会签名表 论文题目 奶牛瘤胃原虫引物设计优化及其在曰粮效应评价中的应用 论文作者 张俊 专业 动物营养与饲 研究方向 反刍动物营养 料科学 指导教师 王加启 {培养单位(研究所、中心) 北京畜牧兽医研究所 姓名姓名 职称硕毒嚣’职称 叭音，罢7 单 位 专业 签名 1登 刁其玉 研究员 誓莩I 中国农业科学院饲料 动物营养与 研究所 饲料科学 ；人 刘建新 教授 誓善； 浙江大学动物科技学 动物营养与 院 饲料科学 动物遗传育 i鐾 张家骅 教授 誓善三 西南大学 种与繁殖 动物遗传育 杨公社 教授 鬻詈二 西北农林科技大学 种与繁殖 答 李发弟 教授 博导j 兰州大学 饲料科学 积药 硕导一： 动物营养与 颈导 辩 张宏福 研究员 尊导 论文答辩时间地点 万方数据 摘要瘤胃原虫在反刍动物日粮营养成分的降解、瘤胃内环境的维持和反刍动物甲烷排放方面具有 摘要 瘤胃原虫在反刍动物日粮营养成分的降解、瘤胃内环境的维持和反刍动物甲烷排放方面具有 重要作用，因此近年来受到研究者的广泛关注。基于未培养技术的研究方法越来越多的被应用在 瘤胃原虫多样性研究之中，18S rRNA基因发育分析和定量PCR是瘤胃原虫研究中较为常见的方 法。但是，现有的瘤胃原虫引物设计较早，难以覆盖新发现的原虫。因此，本研究旨在设计与优 化瘤胃原虫18S rRNA全长基因扩增引物，并应用于评价日粮效应对奶牛瘤胃原虫群落多样性和 数量的影响。为此，本研究主要分为三个部分： l、从Silva数据库中下载137条纤毛亚门原虫的基因序列，利用保守区域设计4条引物，结 合已知2对原虫引物，组合形成5对瘤胃原虫18S rRNA全长基因扩增引物。对这5对引物进行 碱基覆盖度和特异性的验证后，发现引物P．324f和P 1747r 2碱基覆盖度高(大于98％)，可有 效区分瘤胃原虫和其他真核微生物。该引物扩增片段为1423 bp更适用于瘤胃原虫群落多样性和 系统发育分析，作为最优引物用于原虫多样性研究。为了优化原虫多样性分析中OTU划分阈值， 利用0．010—0．041阈值对原虫18S rRNA序列进行OTU划分．发现在0．015阈值下相同序列被分 到不同OTU中的概率和同一个OTU包含两个不同原虫种属的概率最低。 2、分别以苜蓿干草与玉米青贮(MF)和玉米秸秆作(CSA)为日粮主要纤维来源，以豆粕 和杂粕(CSB)作为日粮主要蛋白质来源，进行奶牛饲喂试验。在试验的第91天晨饲前(0 h) 和后(2 h)采集瘤胃液，提取微生物DNA，对瘤胃原虫18S rRNA基因测序并进行系统发育分 析。结果表明，不同纤