用荧光显微示踪方法研究RecA在DNA同源识别过程中的.pdf

物理学报 Acta Phys. Sin. Vol. 61, No. 21 (2012) 218701 用用用荧荧荧光光光显显显微微微示示示踪踪踪方方方法法法研研研究究究RecA 在在在DNA 同同同源源源识识识别别别过过过 程程程中中中的的的工工工作作作机机机理理理* 庞哲 王爽 李辉 徐春华 李明 ( 北京凝聚态物理国家实验室, 中国科学院物理研究所软物质物理重点实验室, 北京 100190 ) ( 2012 年4 月15 日收到; 2012 年5 月23 日收到修改稿) RecA 是原核生物体内参与DNA 同源识别过程的一种关键蛋白, 长期以来一直是同源重组相关课题的重要研 究对象. 通过荧光显微示踪方法, 发现在同源识别过程中RecA 与单链DNA 形成的核蛋白丝与模板DNA 的结合是 短时( s) 和短程( m) 的, 结合后搜寻模板DNA 上的同源位点的过程可分为布朗运动和定向运动 两种模式. 结合时核蛋白丝并不是缠绕在模板DNA 上, 而是以一种更弱的方式结合在模板DNA 外侧进行位点搜 寻. 如果在该过程中没有找到同源位点, 核蛋白丝就会脱离模板DNA, 并寻找下一次与模板DNA 结合的机会, 重复 以上过程. 关键词: RecA, 同源识别, 单分子示踪, 液流拉伸 PACS: 87.15.H−, 82.37.Rs, 87.15.K− 在单链DNA 上, 替换掉单链结合蛋白, 形成核蛋 1 引言 白丝. 在原核生物中, 这种酶一般是RecA, 真核 生物中, 这种酶一般是Rad51. 第三步, 核蛋白丝 由于各种外源的物理或化学作用, 生物体细 在模板DNA 上寻找到同源位点, 并使被缠绕的单 胞内的 DNA 经常容易产生缺损, 其中一种重要 链DNA 替换掉模板DNA 双链中与其完全一样的 的缺损就是双链断裂. 双链断裂不仅会导致生物 一条链, 形成三链结合体. 之后, 断裂DNA 会以三 体的遗传信息缺失, 更有可能直接导致细胞的死 链结合的位点为起点沿模板DNA 进行延伸, 并最 亡. 为了最大程度地保证生物体的遗传信息不缺 终恢复成为完整的双链DNA. 最后, 特异性的酶将 失并保护细胞, 生物体内有一套完整的响应机制, 解开在三链复合体的位点留下的霍利迪(Holliday) 对断裂的 DNA 进行修补. 最常见的一种应激机 交叉. 在原核生物中, 这种酶一般是RuvABC, 真 制就是重组修复. 在重组修复过程中, 涉及两条双 核生物中, 这种酶一般是Mus81. 链DNA, 一条是断裂的双链DNA, 另一条则是完整 RecA 作为同源修复过程中非常核心的一种 的模板DNA. 重组修复过程一般分为四步. 第一步, 蛋白, 长时间以来一直受到科学界的关注 − , 最 解旋酶与断裂的双链DNA 平末端相结合, 并通过 近也有一些单分子的实验得到了一些阶段性的成 解旋作用产生一条′ 端突出的单链末端. 在原核 果 . 目前达成的共识是RecA 可以借助ATP 或 生物中, 这种酶一般是RecBCD, 真核生物中, 这 其类似物缠绕在单链DNA 上形成核蛋白丝, 并进 种酶一般是以Rad50 为核心的蛋白复合体 . 第 一步在