多巴胺第三受体蛋白三维结构及其活性位点氨基酸残基-物理化学学报.PDF

物理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao) 2432 Acta Phys. -Chim. Sin. 2011, 27 (10), 2432-2446 October [Article] 多巴胺第三受体蛋白三维结构及其活性位点氨基酸残基 金 毅1 王 悦1 卞富永1 史 强2 葛茂发2 王 树3 张兴康2 徐四川1,2,* 1 ( 云南大学化学科学与工程学院, 自然资源药物化学教育部重点实验室, 昆明650091; 2 中国科学院化学研究所, 北京分子科学国家实验室, 分子动态与稳态结构国家重点实验室, 北京100190; 3 中国科学院化学研究所有机固体重点实验室, 北京100190) 摘要: 基于牛视紫红质模板蛋白, 同源模建多巴胺第三受体(D R)蛋白三维结构, 在1-棕榈酰-2-油酰-卵磷脂 3 (POPC) 膜- 水模型环境, 开展300 ns 分子动力学模拟提炼优化其结构, 取得稳定的D R 蛋白三维结构 3 (2B08-D R). 在该蛋白基础上, 采用MP2/6-31G(d,p)方法, 计算多巴胺(Dop)与氨基酸残基相互作用的结合能, 3 确定五个残基(Asp117、Ser208、His272、Phe269 和Thr276)为活性位点. 五个活性位点残基分别位于D R 蛋白 3 跨膜螺旋区TM3、TM5 和TM6, 组成活性空腔结构. 多巴胺分子以其苯基平面与TM2-TM7 包围的圆柱体空腔 平行和非共价键结合方式保留在D R 蛋白中, 与D R 蛋白结合能E 为-97.8 kJ ·mol-1. 基于3PBL D R 突变体 3 3 b 3 晶体结构, 构建了另外一个含有多巴胺分子的D R 蛋白结构(Dop-3PBL-D R), 确定在该蛋白结构中, 多巴胺的 3 3 活性位点氨基酸是Asp83、His272、Phe269、Phe268 和Trp265. 在该蛋白结构中, 多巴胺分子同样以其苯基平 面与TM2-TM7 包围的圆柱体空腔平行和非