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最近看到有些同学寻找popgene的使用方法,我刚好在研究这个软件,有一点新的和大家分享。
下面以RAPD标记为例详细说一下数据如何输入。
例如有n个居群,x个个体,m个位点。给居群命名,本例中以1、2、...n代替。首先输入第一个居群,行代表个体,列代表位点。第一行代表第一个个体,从第一列开始从左到右代表第一个引物的第1...n个位点,第一个引物输完后接着输第二个引物,一直到第x个引物。然后在第二行输入第二个个体,以此类推。第一个群体完后,输入第二个群体。你可以在excel中输入数据,然后导在记事本中,就可以在POPGENE中用了。
/* Diploid alphabetic data of n populations each with x records (genotypes) m loci */?Number of populations =? nNumber of loci =? mLocus name :p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10.......... pn(此处最容易出问题:从软件中发现导入的位点数少于实际个数,请在Excel和文本文件中反复修改,确保回车、空格符号使用正确)
name = 1010100111110001010100011110100110101010010101010101000101001100010000001000011100011010010100000010010101001010001000100000010101111010110100101000001101010100000110010111000101010011000101101001010100110000000010101011011100010101000111101011010010101000110010101001010001011100101010000111000110100101000100100101010010100010001101010100011110001101001010001011010101000101001100110010101000110010001101010100010010010101001010001000100101010001111000110100101000100100101010000110110011000000101011110101101001010010110000000010101000100110010101000011100011010010100000110010101001010011001100000010101111010110100101000011000101010010100010001101010100011000111101001010001001001010100101000100010010101000111101001101010100000110000000101010001000100101010001111010011010101000001100000001
name = 2010101100011000101010001110101110101010000011001010100101011000011001010100010110011010001010000110010101001010110001100101010000101100110100101000001101010100010100010001000101010011110001101001010000111001010100101000100001110101000010001011101010100000110010101001010001000011101010000111010110100101000001100101010010100110001001010100001110111101000101000011000000110101001100010010101000111101011101010100101000000001101010011000100010101001111000110100101000100100101010010100110000111010100100110100001100101000001000000010101000100001110101000011100011010001010101001000000110010001000011000011000101100011010101001010000000001
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