生物信息学课件 1.pptVIP

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2019-02-16 发布于北京
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生物信息学课件 1.ppt

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复旦大学图书馆文献检索教研室第二章核酸序列分析Nucleic?Acid?sequence?Analysis §2.1 生物信息学数据库Bioinformatics database 生物信息学最重要的任务是从海量数据中提取新知识生物信息学数据存在的问题信息源分布在世界各地不同的站点上涉及多个数据源的全局问题无法立刻得到答案 Painfully collecting unstructured information around the sites Manually putting pieces together Hopefully getting the right picture... 总之，信息源的特点是：自治的 (autonomous) 分布式的 (distributed) 异构的 (heterogeneous) 《核酸研究》杂志——《Nucleic Acids Research》（/）自1993年起，每年都会在第一期推出生物数据库特刊，介绍上一年度的数据库增加和更新情况。至2010年，生物信息学数据库总数已达1230个。组成序列信息字符串的符号必须为标准的国际生物化学联合会（IUB）/国际纯粹与应用化学联合会（IUPAC) 氨基酸或核苷酸的符号符号的大小写同义，单个“连字符”表示一个空位不清楚的核苷酸残基用N表示，不确定的氨基酸残基用X表示标题行的名称是用户自定义的，可以是汉字，也可以是英文 2. 序列详细注释的GenBank格式 GBFF(GenBank flatfile,GenBank 平面文件)格式 GenBank数据库的基本信息单位，是最为广泛使用的生物信息学序列格式之一。 GenBank格式 GenBank格式：每个条目都是一份纯文本文件。每行左端或为空格或为识别字，识别字均为完整英文字，不用缩写。 GenBank条目，使用一大批与EMBL和DDBJ数据库统一的关键字。格式可以分成3个部分： 1）头部包含关于整个序列的信息（描述字符），从 LOCUS行到ORIGIN行； 2）注释这一序列的特性（Feature Table ），为注释的核心部分； 3）序列本身(Sequence)。注：所有的核苷酸数据库记录（EMBL/GenBank/DDBJ)都在最后　一行以//结尾。一个简单的GenBank记录 LOCUS AF062069 3808 bp mRNA INV 02-MAR-2000 DEFINITION Limulus polyphemus myosin III mRNA, complete cds. ACCESSION AF062069 VERSION AF062069.2 GI:7144484 KEYWORDS . SOURCE Atlantic horseshoe crab. ORGANISM Limulus polyphemus Eukaryota; Metazoa; Arthropoda; Chelicerata; Merostomata; Xiphosura; Limulidae; Limulus. REFERENCE 1 (bases 1 to 3808) AUTHORS Battelle,B.-A., Andrews,A.W., Calman,B.G., Sellers,J.R., Greenberg,R.M. and Smith,W.C. TITLE A myosin III from Limulus eyes is a clock-regulated phosphoprotein JOURNAL J. Neurosci. (1998) In press REFERENCE 2 (bases 1 to 3808) AUTHORS Battelle,B.-A., Andrews,A.W., Calman,B.G., Sellers,J.R., Greenberg,R.M. and Smith,W.C. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (29-APR-1998) Whitney Laboratory, University of Florida, 9505 Ocean Shore Blvd., St. Augustine, FL 32086, USA REFERENCE 3 (bases 1 to 3808)