基于表达谱芯片和新一代测序技术的高通量基因分型方法的开发-基因组学专业论文.docxVIP

华中农业大学学位论文独创性声明及使删学位论文 华中农业大学学位论文独创性声明及使删 学位论文 不 如需保密，解密时间 年 月 日 是否保密 fz 独创性声明 本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成 果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发 表或撰写过的研究成果，也不包含为获得华中农业大学或其他教育机构的学位或证书 而使用过的材料，指导教师对此进行了审定．与我一同工作的同志对本研究所做的任 何贡献均己在论文中做了明确的说明，并表示了谢意． 研究生鲐谗壳垮 帆驯。年]月咔日 学位论文使用授权书 本人完全了解华中农业大学关于保存、使用学位论文的规定，即学生必须按照学 校要求提交学位论文的印刷本和电子版本；学校有权保存提交论文的印刷版和电子版， 并提供目录检索和阅览服务，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位 论文。本人同意华中农业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全 部或部分内容，同时本人保留在其他媒体发表论文的权力。 注：保密学位论文(即涉及技术秘密、商业秘密或申请专利等潜在需要提交保密的论 文)在解密后适用于本授权书． 学位论文作者签名：饧§壳谤锄签砚声殷 签名日期：ao f D年1月L卜日 签名日期：殳0肜年．7月午日 注：请将本表直接装订在学位论文的扉页和目录之间 1． 1 ． ．．．．．3 缩写名词表 6 1前言 。 7 1．1基因组学的任务 7 1．2基因组学对作物育种的影响 8 1．3基因组学的研究手段——序列测定 ．10 1．3．1新一代测序技术的发展 ．．10 1．3．2新一代测序技术的应用 1 1 1．3．3新一代测序技术数据分析及软件 ．．13 1．4基因组学的研究手段——基因芯片 ．．14 1．4．1基因芯片的种类 。15 1．4．2基因芯片的用途 16 1．4．3大规模表达谱的存储与利用 17 1．4．4表达谱数据分析软件包 ．．19 1．4．5表达谱分析方法和流程 ．．23 1．5水稻生物信息学数据库 ．25 1．5．1综合类水稻生物信息学数据库 25 1．5．2专有类水稻生物信息学数据库 ．．28 1．6本研究的目的和意义 ．33 2基于芯片表达谱的寡聚核苷酸多态性的鉴定及应用 35 2．1前言 ．．35 2．2材料与方法 ．．38 2．2．1水稻芯片实验取样、RNA抽提及芯片杂交 ．39 2．2．2公共来源的芯片数据 39 华中农业大学2010届博士研究生学位论文2．2．3鉴定寡聚核苷酸多态性 华中农业大学2010届博士研究生学位论文 2．2．3鉴定寡聚核苷酸多态性 39 2．2．3．1中值平滑方法鉴定寡聚核苷酸多态性 40 2．2．3．2方差分析方法鉴定寡聚核苷酸多态性 43 2．2．4通过探针的亲和力差异估计杂种中等位基因特异性表达 43 2．2．5 Affymetrix水稻芯片探针注释 ．45 2．2．6水稻和酵母SNP的鉴定及寡聚核苷酸多态性的验证 。46 2．2．7酵母BY和RM的cRNA最小自由能的计算 ．46 2．3结果与分析 ．．47 2．3．1寡聚核苷酸多态性的鉴定及方法比较 47 2．3．1．1中值平滑方法同时使用多个组织鉴定寡聚核苷酸多态性 47 2．3．1．2寡聚核苷酸多态性的验证 48 2．3．1．3使用单个组织的芯片数据鉴定寡聚核苷酸多态性 50 2．3．1．4鉴定寡聚核苷酸多态性的不同方法的比较 51 2．3．1．5中值平滑方法用于eQTL研究中群体基因分型 ～56 2．3．2探针侧翼多态性对寡聚核苷酸多态性的影响 56 2．3．2．1寡聚核苷酸多态性与探针侧翼多态性 一57 2．3．2．2寡聚核苷酸多态性及侧翼SNP的碱基组成 59 2．3．2．3侧翼多态性导致的cRNA二级结构改变可能造成寡聚核苷酸多态性6l 2．3．3寡聚核苷酸多态性用于估计等位基因特异性表达 64 2．4讨论 ．69 2．4．1中值平滑的性能 69 2．4．2寡聚核苷酸多态性的形成的复杂性及侧翼多态性的影响 70 2．4．3所鉴定水稻寡聚核苷酸多态性的用途和意义 72 3基于新一代测序技术的重组自交系群体基因分型方法 ．．74 3．1前言 ．．74 3．2材料与方法 ．．76 3．2．1测序过程 76 3．2．2序列比对及使用RIL群体测序数据鉴定潜在的SNP位点 ．77 Ⅱ 基于表达谱芯片和新一代测序技术的高通量基因分型方法的开发3．2．3使用亲本序列鉴定高质量的SNP位点 基于表达谱芯片和新一代测序技术的高通量基因分型方法的开发 3．2．3使用亲本序列鉴定高质量的SNP位点 ．78 3．2．4使用亲本序列鉴定劣等SNP位点 ．78 3．2．5通过重复抽样的方法推断亲本基因型并去除劣等SNP位点 ．78 3